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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1e9g | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF INORGANIC PYROPHOSPHATASE | ||||||
要素 | INORGANIC PYROPHOSPHATASE無機ピロホスファターゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / PYROPHOSPHATE PHOSPHOHYDROLASE / MANGANESE (マンガン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Cytosolic tRNA aminoacylation / Mitochondrial tRNA aminoacylation / Pyrophosphate hydrolysis / 無機ピロホスファターゼ / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å | ||||||
データ登録者 | Heikinheimo, P. / Tuominen, V. / Ahonen, A.-K. / Teplyakov, A. / Cooperman, B.S. / Baykov, A.A. / Lahti, R. / Goldman, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001 タイトル: Toward a Quantum-Mechanical Description of Metal-Assisted Phosphoryl Transfer in Pyrophosphatase 著者: Heikinheimo, P. / Tuominen, V. / Ahonen, A.-K. / Teplyakov, A. / Cooperman, B.S. / Baykov, A.A. / Lahti, R. / Goldman, A. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1e9g.cif.gz | 446.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1e9g.ent.gz | 360.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1e9g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/1e9g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/1e9g | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.7976, 0.6031, 0.015), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32225.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PRODUCT COMPLEX 由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / 遺伝子: PPA1 / プラスミド: PKW9 / 遺伝子 (発現宿主): PPA1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 / 参照: UniProt: P00817, 無機ピロホスファターゼ #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | IN PRESENCE OF DIVALENT METAL CATION CATALYSES THE REACTION: PYROPHOSPHATE + H(2)O = 2 ...IN PRESENCE OF DIVALENT METAL CATION CATALYSES THE REACTION: PYROPHOSPH | 配列の詳細 | 1WGJ A SWS P00817 283 - 286 NOT IN ATOMS LIST 1WGJ B SWS P00817 283 - 286 NOT IN ATOMS LIST | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.73 % 解説: TWO MERGED DATA SETS: THE FIRST COLLECTED SEP-1996, WAVLENGTH 0.891 A, RESOLUTION RANGE 8-1.5 A AND THE SECOND COLLECTED 1997, WAVELENGTH 0.901 A, RESOLUTION RANGE 2.5-1.15 A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: pH 6.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Heikinheimo, P., (1996) Structure, 4, 1491. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.891 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年9月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.891 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.15→8 Å / Num. obs: 212495 / % possible obs: 85.4 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 11.95 |
反射 シェル | 解像度: 1.15→1.17 Å / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 75.5 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 75.5 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1WGJ 解像度: 1.15→8 Å / Num. parameters: 51975 / Num. restraintsaints: 60843 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 4.7% THE C-TERMINAL RESIDUE WAS NOT SEEN IN THE DENSITY MAPS
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 42 / Occupancy sum hydrogen: 4448 / Occupancy sum non hydrogen: 5562.12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.15→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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