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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1.0E+17 | ||||||
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タイトル | Solution structure of the DNA binding domain of the human Forkhead transcription factor AFX (FOXO4) | ||||||
要素 | AFX | ||||||
キーワード | DNA BINDING DOMAIN (DNA結合ドメイン) / WINGED HELIX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of smooth muscle cell differentiation / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / AKT phosphorylates targets in the nucleus / response to water-immersion restraint stress / negative regulation of G0 to G1 transition / Cardiogenesis / muscle organ development / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / FOXO-mediated transcription of cell death genes / positive regulation of smooth muscle cell migration ...negative regulation of smooth muscle cell differentiation / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / AKT phosphorylates targets in the nucleus / response to water-immersion restraint stress / negative regulation of G0 to G1 transition / Cardiogenesis / muscle organ development / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / FOXO-mediated transcription of cell death genes / positive regulation of smooth muscle cell migration / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Regulation of localization of FOXO transcription factors / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / negative regulation of angiogenesis / response to nutrient levels / promoter-specific chromatin binding / 細胞分化 / beta-catenin binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / insulin receptor signaling pathway / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / response to oxidative stress / sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / Ub-specific processing proteases / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / SIMULATED ANNEALING IN TORSION ANGLE SPACE | ||||||
データ登録者 | Weigelt, J. / Climent, I. / Dahlman-Wright, K. / Wikstrom, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2000 タイトル: 1H, 13C and 15N Resonance Assignments of the DNA Binding Domain of the Human Forkhead Transcription Factor Afx 著者: Weigelt, J. / Climent, I. / Dahlman-Wright, K. / Wikstrom, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1e17.cif.gz | 561.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1e17.ent.gz | 465.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1e17.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/1e17 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/1e17 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16611.670 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞内の位置: NUCLEUS & CYTOPLASM / プラスミド: PET15B / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P98177 |
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配列の詳細 | GLY 58 - PRO 81 IN PDB ENTRY BELONG TO ARTIFICIAL |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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NMR実験の詳細 | Text: EXPERIMENTAL DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE |
-試料調製
詳細 | 内容: 10% WATER/90% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 100 mM / pH: 6.3 / 圧: 1 atm / 温度: 304 K |
結晶化 | *PLUS 手法: その他 / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: SIMULATED ANNEALING IN TORSION ANGLE SPACE / ソフトェア番号: 1 詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE. | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: LOWEST X-PLOR ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 85 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |