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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dww | ||||||
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タイトル | MURINE INDUCIBLE NITRIC OXIDE SYNTHASE OXYGENASE DIMER N-hydroxyarginine and dihydrobiopterin | ||||||
要素 | NITRIC OXIDE SYNTHASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE/TRANSFERASE / COMPLEX (OXIDOREDUCTASE-TRANSFERASE) / NITRIC OXIDE MONOOXYGENASE / HEME / DIMER / INTERMEDIATE / PTERIN / H2B / DIHYDROBIOPTERIN / OXIDOREDUCTASE-TRANSFERASE complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / ROS and RNS production in phagocytes / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / Peroxisomal protein import / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / positive regulation of killing of cells of another organism / prostaglandin secretion / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / cortical cytoskeleton ...Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / ROS and RNS production in phagocytes / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / Peroxisomal protein import / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / positive regulation of killing of cells of another organism / prostaglandin secretion / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / cortical cytoskeleton / superoxide metabolic process / cGMP-mediated signaling / nitric-oxide synthase binding / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / cellular response to cytokine stimulus / regulation of insulin secretion / cellular response to organic cyclic compound / nitric-oxide synthase (NADPH) / blood vessel remodeling / nitric oxide mediated signal transduction / response to tumor necrosis factor / nitric-oxide synthase activity / arginine catabolic process / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / response to hormone / positive regulation of interleukin-8 production / negative regulation of protein catabolic process / response to bacterium / regulation of blood pressure / Hsp90 protein binding / circadian rhythm / cellular response to type II interferon / beta-catenin binding / positive regulation of interleukin-6 production / cellular response to xenobiotic stimulus / FMN binding / peroxisome / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / actin binding / regulation of cell population proliferation / cellular response to lipopolysaccharide / response to lipopolysaccharide / calmodulin binding / response to hypoxia / intracellular signal transduction / defense response to bacterium / cadherin binding / inflammatory response / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of gene expression / heme binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Crane, B.R. / Arvai, A.S. / Getzoff, E.D. / Stuehr, D.J. / Tainer, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000 タイトル: Structures of the N(Omega)-Hydroxy-L-Arginine Complex of Inducible Nitric Oxide Synthase Oxygenase Dimer with Active Andinactive Pterins 著者: Crane, B.R. / Arvai, A.S. / Ghosh, S. / Getzoff, E.D. / Stuehr, D.J. / Tainer, J.A. #1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1999 タイトル: N-Terminal Domain Swapping and Metal Ion Binding in Nitric Oxide Synthase Dimerization 著者: Crane, B.R. / Rosenfeld, R.A. / Arvai, A.S. / Ghosh, D.K. / Ghosh, S. / Tainer, J.A. / Stuehr, D.J. / Getzoff, E.D. #2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1999 タイトル: Inducible Nitric Oxide Synthase: Role of the N-Terminal Beta-Hairpin Hook and Pterin-Binding Segment in Dimerization and Tetrahydrobiopterin Interaction 著者: Ghosh, D.K. / Crane, B.R. / Ghosh, S. / Wolan, D. / Gachhui, R. / Crooks, C. / Presta, A. / Tainer, J.A. / Getzoff, E.D. / Stuehr, D.J. #3: ジャーナル: Science / 年: 1998 タイトル: Structure of Nitric Oxide Synthase Oxygenase Dimer with Pterin and Substrate 著者: Crane, B.R. / Arvai, A.S. / Ghosh, D.K. / Wu, C. / Getzoff, E.D. / Stuehr, D.J. / Tainer, J.A. #4: ジャーナル: Science / 年: 1997 タイトル: The Structure of Nitric Oxide Synthase Oxygenase Domain and Inhibitor Complexes 著者: Crane, B.R. / Arvai, A.S. / Gachhui, R. / Wu, C. / Ghosh, D.K. / Getzoff, E.D. / Stuehr, D.J. / Tainer, J.A. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: KABSCH AND SANDER |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dww.cif.gz | 205.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dww.ent.gz | 163 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dww.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1dww_validation.pdf.gz | 603 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1dww_full_validation.pdf.gz | 621.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1dww_validation.xml.gz | 20.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1dww_validation.cif.gz | 33.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/1dww ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/1dww | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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詳細 | BIOLOGICAL_UNIT: INOS OXYGENASE DOMAIN ACTIVE AS A DIMER |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 48626.297 Da / 分子数: 2 / 断片: OXYGENASE DOMAIN 65-498 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MURINE INDUCIBLE / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / Cell: MACROPHAGE / プラスミド: PCWORI / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P29477, nitric-oxide synthase (NADPH) |
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-非ポリマー , 6種, 707分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | EACH NOS DIMER IS COVALENTLY LINKED BY A TETRATHIOLATE ZINC CENTER THAT RESIDES ON THE MOLECULAR ...EACH NOS DIMER IS COVALENTLY |
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配列の詳細 | PROTEIN WAS EXPRESSED WITH A COOH-TERMINAL HIS6 TAG. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: pH 6.00 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 1.08 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年2月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→30 Å / Num. obs: 62465 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 46.9 Å2 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 28.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.43 Å / Mean I/σ(I) obs: 7.4 / Rsym value: 0.289 / % possible all: 98.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 303449 / Rmerge(I) obs: 0.074 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.7 % / Rmerge(I) obs: 0.289 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.35→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 3681934.9 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 52.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→30 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Rms dev Biso : 2.1 Å2 / Rms dev position: 0.04 Å / Weight Biso : 0.95 / Weight position: 100 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.35→2.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: 'X-PLOR CNS 0.4' / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 52.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.43 Å / Rfactor Rfree: 0.414 / Rfactor obs: 0.375 |