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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dqv | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF SYNAPTOTAGMIN III C2A/C2B | ||||||
要素 | SYNAPTOTAGMIN III | ||||||
キーワード | ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / beta sandwich / calcium ion (カルシウム) / C2 domain (C2ドメイン) / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of vesicle fusion / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / exocytic vesicle / calcium-ion regulated exocytosis / positive regulation of dendrite extension / calcium-dependent phospholipid binding / syntaxin binding / transport vesicle membrane / clathrin binding / phosphatidylserine binding ...positive regulation of vesicle fusion / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / exocytic vesicle / calcium-ion regulated exocytosis / positive regulation of dendrite extension / calcium-dependent phospholipid binding / syntaxin binding / transport vesicle membrane / clathrin binding / phosphatidylserine binding / regulation of dopamine secretion / synaptic vesicle exocytosis / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / cellular response to calcium ion / SNARE binding / synaptic membrane / response to calcium ion / presynapse / 細胞分化 / protein heterodimerization activity / calcium ion binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus rattus (エジプトネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Sutton, R.B. / Ernst, J.A. / Brunger, A.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of the cytosolic C2A-C2B domains of synaptotagmin III. Implications for Ca(+2)-independent snare complex interaction. 著者: Sutton, R.B. / Ernst, J.A. / Brunger, A.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dqv.cif.gz | 66.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dqv.ent.gz | 49.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dqv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/1dqv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/1dqv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is one C2A domain and one C2B domain |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33253.914 Da / 分子数: 1 / 断片: C2A/C2B / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SOLUBLE PORTION 由来: (組換発現) Rattus rattus (エジプトネズミ) 器官: BRAIN脳 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40748 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 11 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.82 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.6M Magnesium Sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL1-5 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年3月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 61080 / Num. obs: 9578 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: -1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 2.9 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.785 / Num. unique all: 929 / % possible all: 99.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 61080 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3.2→50 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: used maximum likelihood/experiment phase set target function
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→50 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: 'CNS' / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.349 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 3.45 Å / Rfactor Rfree: 0.344 / Rfactor Rwork: 0.302 |