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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dnw | |||||||||
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タイトル | HUMAN MYELOPEROXIDASE-CYANIDE-THIOCYANATE COMPLEX | |||||||||
要素 | (MYELOPEROXIDASE) x 2 | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / peroxidase / substrate complex / thiocyanate / halide peroxidation | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 myeloperoxidase / hypochlorous acid biosynthetic process / Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / phagocytic vesicle lumen / response to gold nanoparticle / response to yeast / respiratory burst involved in defense response / low-density lipoprotein particle remodeling / response to food / azurophil granule ...myeloperoxidase / hypochlorous acid biosynthetic process / Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / phagocytic vesicle lumen / response to gold nanoparticle / response to yeast / respiratory burst involved in defense response / low-density lipoprotein particle remodeling / response to food / azurophil granule / defense response to fungus / response to mechanical stimulus / removal of superoxide radicals / secretory granule / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / defense response / azurophil granule lumen / heparin binding / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / lysosome / defense response to bacterium / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / heme binding / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Blair-Johnson, M. / Fiedler, T.J. / Fenna, R.E. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: Human myeloperoxidase: structure of a cyanide complex and its interaction with bromide and thiocyanate substrates at 1.9 A resolution. 著者: Blair-Johnson, M. / Fiedler, T. / Fenna, R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dnw.cif.gz | 259.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dnw.ent.gz | 210.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dnw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1dnw_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1dnw_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1dnw_validation.xml.gz | 51.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1dnw_validation.cif.gz | 75.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/1dnw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/1dnw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a homodimer formed from two pseudo-monomers made from a light and a heavy chain. The monomer's symmetry partner is generated by rotation about a noncrystallographic two-fold. |
-要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 11903.343 Da / 分子数: 2 断片: MYELOPEROXIDASE LIGHT CHAIN CONTAINING RESIDUES 1 TO 104 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: NEUTROPHIL / 組織: BLOOD / 参照: UniProt: P05164, peroxidase #2: タンパク質 | 分子量: 53234.191 Da / 分子数: 2 断片: MYELOPEROXIDASE HEAVY CHAIN CONTAINING RESIDUES 113 TO 578 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: NEUTROPHIL / 組織: BLOOD / 参照: UniProt: P05164, peroxidase |
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-糖 , 2種, 6分子
#3: 多糖 | #7: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 7種, 883分子
#4: 化合物 | ChemComp-SCN / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-CYN / #8: 化合物 | #9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-ACY / #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.76 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, hanging drop with macro seeding / pH: 5.5 詳細: Co-crystal grown from sodium cyanide, sodium acetate, ammonium, sulfate, calcium chloride, and PEG MW 8000. It was subsequently equilibrated with a substitute mother liquor containing sodium ...詳細: Co-crystal grown from sodium cyanide, sodium acetate, ammonium, sulfate, calcium chloride, and PEG MW 8000. It was subsequently equilibrated with a substitute mother liquor containing sodium thiocyanate, pH 5.5, Vapor Diffusion, Hanging Drop with Macro Seeding, temperature 22K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 84 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年7月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 100546 / Num. obs: 95046 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 14.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.193 / Num. unique all: 9049 / % possible all: 90.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→10 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Slow Cooling Method with Simulated Annealing and Bulk Solvent Correction
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
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拘束条件 |
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