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万見
- PDB-1dma: DOMAIN III OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA EXOTOXIN COMPLEXED WITH NICO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dma
タイトルDOMAIN III OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA EXOTOXIN COMPLEXED WITH NICOTINAMIDE AND AMP
要素EXOTOXIN APseudomonas exotoxin
キーワードADP-RIBOSYLATION (ADPリボース化)
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase / NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase activity / nucleotidyltransferase activity / toxin activity
類似検索 - 分子機能
Exotoxin A catalytic domain / Exotoxin A, binding / Exotoxin A, middle domain / Exotoxin A, middle domain superfamily / Exotoxin A catalytic / Exotoxin A binding / Exotoxin A, targeting / Diphtheria Toxin; domain 1 / Diphtheria Toxin, domain 1 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Exotoxin A catalytic domain / Exotoxin A, binding / Exotoxin A, middle domain / Exotoxin A, middle domain superfamily / Exotoxin A catalytic / Exotoxin A binding / Exotoxin A, targeting / Diphtheria Toxin; domain 1 / Diphtheria Toxin, domain 1 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
アデニル酸 / ニコチンアミド / Exotoxin A
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Li, M. / Dyda, F. / Benhar, I. / Pastan, I. / Davies, D.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1995
タイトル: The crystal structure of Pseudomonas aeruginosa exotoxin domain III with nicotinamide and AMP: conformational differences with the intact exotoxin.
著者: Li, M. / Dyda, F. / Benhar, I. / Pastan, I. / Davies, D.R.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989
タイトル: Functional Analysis of Domains II, Ib, and III of Pseudomonas Exotoxin
著者: Siegall, C.B. / Chaudhary, V.K. / Fitzgerald, D.J. / Pastan, I.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1986
タイトル: Structure of Exotoxin a of Pseudomonas Aeruginosa a 3.0-Angstrom Resolution
著者: Allured, V.S. / Collier, R.J. / Carroll, S.F. / Mckay, D.B.
履歴
登録1995年4月28日処理サイト: BNL
改定 1.01995年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EXOTOXIN A
B: EXOTOXIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2605
ポリマ－46,6682
非ポリマー5913
水59433
1
A: EXOTOXIN A
B: EXOTOXIN A
ヘテロ分子

A: EXOTOXIN A
B: EXOTOXIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,51910
ポリマ－93,3364
非ポリマー1,1836
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.510, 87.510, 134.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 536 / 2: CIS PROLINE - PRO B 536

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要素

#1: タンパク質 EXOTOXIN A / Pseudomonas exotoxin


分子量: 23334.041 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / プラスミド: PPED5-399 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11439
#2: 化合物 ChemComp-NCA / NICOTINAMIDE / ニコチンアミド / ニコチンアミド


分子量: 122.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6N2O / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / アデニル酸


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.24 %
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used as seeds
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.5 Msodium citrate1reservoir
240 mMNAD1reservoir
310 mg/mlPEIII1drop
410 mMTris-HCl1drop
50.1 M1dropNaCl
61.5 Msodium citrate1drop
740 mMNAD1drop

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.5→8 Å / Num. obs: 16513 / % possible obs: 88.9 % / Observed criterion σ(I): 2
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.068

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.5→8 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 --
Rwork0.195 --
obs0.195 16513 88.9 %
原子変位パラメータBiso mean: 32.3 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3001 0 41 33 3075
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.38
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d2.14
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.264
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg2.14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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