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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dm2 | ||||||
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タイトル | HUMAN CYCLIN-DEPENDENT KINASE 2 COMPLEXED WITH THE INHIBITOR HYMENIALDISINE | ||||||
要素 | CYCLIN-DEPENDENT KINASE 2サイクリン依存性キナーゼ2 | ||||||
キーワード | CELL CYCLE (細胞周期) / PROTEIN KINASE (プロテインキナーゼ) / PHOSPHORYLATION (リン酸化) / CELL DIVISION (細胞分裂) / MITOSIS (有糸分裂) / INHIBITION (酵素阻害剤) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / G2期 / cyclin-dependent protein kinase activity / Y染色体 / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation ...cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / G2期 / cyclin-dependent protein kinase activity / Y染色体 / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / X染色体 / PTK6 Regulates Cell Cycle / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / centriole replication / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / centrosome duplication / Telomere Extension By Telomerase / G0 and Early G1 / Activation of the pre-replicative complex / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / cellular response to nitric oxide / カハール体 / サイクリン依存性キナーゼ / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / Activation of ATR in response to replication stress / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / condensed chromosome / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / regulation of mitotic cell cycle / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / cyclin binding / post-translational protein modification / meiotic cell cycle / positive regulation of DNA replication / male germ cell nucleus / response to organic substance / G1/S transition of mitotic cell cycle / potassium ion transport / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / 遺伝的組換え / Orc1 removal from chromatin / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Cyclin D associated events in G1 / G2/M transition of mitotic cell cycle / 細胞老化 / Regulation of TP53 Degradation / 核膜 / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Processing of DNA double-strand break ends / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / 遺伝子発現の調節 / peptidyl-serine phosphorylation / Ras protein signal transduction / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription regulator complex / DNA複製 / chromosome, telomeric region / エンドソーム / クロマチンリモデリング / 細胞分裂 / protein domain specific binding / protein phosphorylation / DNA修復 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / シグナル伝達 / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Thunnissen, A.M. / Kim, S.-H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2000 タイトル: Inhibition of cyclin-dependent kinases, GSK-3beta and CK1 by hymenialdisine, a marine sponge constituent. 著者: Meijer, L. / Thunnissen, A.M. / White, A.W. / Garnier, M. / Nikolic, M. / Tsai, L.H. / Walter, J. / Cleverley, K.E. / Salinas, P.C. / Wu, Y.Z. / Biernat, J. / Mandelkow, E.M. / Kim, S.H. / Pettit, G.R. #1: ジャーナル: Science / 年: 1998 タイトル: Exploiting Chemical Libraries, Structure, and Genomics in the Search for Kinase Inhibitors 著者: Gray, N.S. / Wodicka, L. / Thunnissen, A.M.W.H. / Norman, T.C. / Kwon, S. / Espinoza, F.H. / Morgan, D.O. / Barnes, G. / Leclerc, S. / Meijer, L. / Kim, S.-H. / Lockhart, D.J. / Schultz, P.G. #2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1997 タイトル: Inhibition of Cyclin-Dependent Kinases by Purine Analogues-Crystal Structure of Human Cdk2 Complexed with Roscovitine 著者: De Azevedo, W.F. / Leclerc, S. / Meijer, L. / Havlicek, L. / Strnad, M. / Kim, S.-H. #3: ジャーナル: Proteins / 年: 1995 タイトル: Multiple Modes of Ligand Recognition: Crystal Structures of Cyclin-Dependent Protein Kinase 2 in Complex with ATP and Two Inhibitors, Olomoucine and Isopentenyladenine 著者: Schultze-Gahmen, U. / Brandsen, J. / Jones, H.D. / Morgan, D.O. / Meijer, L. / Vesely, J. / Kim, S.-H. #4: ジャーナル: Nature / 年: 1993 タイトル: Crystal Structure of Cyclin-Dependent Kinase 2 著者: De Bondt, H.L. / Rosenblatt, J. / Jancarik, J. / Jones, H.D. / Morgan, D.O. / Kim, S.-H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dm2.cif.gz | 70.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dm2.ent.gz | 52.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dm2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/1dm2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/1dm2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33976.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: SF9 CELLS / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P24941, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの) | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-HMD / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: HEPES, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Rosenblatt, J., (1993) J. Mol. Biol., 230, 1317. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年2月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 51723 / Num. obs: 16264 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 13.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 21.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.223 / % possible all: 86.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.1→30 Å / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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原子変位パラメータ | Biso mean: 34.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.33 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 1 / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 34.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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