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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dke | ||||||
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タイトル | NI BETA HEME HUMAN HEMOGLOBIN | ||||||
要素 |
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キーワード | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / OXYGEN TRANSPORT (血液) / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / hemoglobin complex / 血液 / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / hemoglobin complex / 血液 / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / 血小板 / oxygen binding / 血圧 / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Bruno, S. / Bettatti, S. / Mozzarelli, A. / Bolognesi, M. / Deriu, D. / Rosano, C. / Tsuneshige, A. / Yonetani, T. / Henry, E.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000 タイトル: Oxygen binding by alpha(Fe2+)2beta(Ni2+)2 hemoglobin crystals. 著者: Bruno, S. / Bettati, S. / Manfredini, M. / Mozzarelli, A. / Bolognesi, M. / Deriu, D. / Rosano, C. / Tsuneshige, A. / Yonetani, T. / Henry, E.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dke.cif.gz | 130.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dke.ent.gz | 101.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dke.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/1dke ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/1dke | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15150.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905 #2: タンパク質 | 分子量: 15890.198 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: BETA HEME CONTAINS NI+2 ION / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / キーワード: BETA HEME CONTAINS NI+2 ION / 参照: UniProt: P68871 #3: 化合物 | ChemComp-HEM / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.16 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 24 MG/ML PROTEIN 21% PEG 1000 10MM POTASSIUM PHOSPHATE, 1MM IHP, 30MM SODIUM DITHIONITE, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年11月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→22.5 Å / Num. all: 32068 / Num. obs: 32068 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 16.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.159 / % possible all: 95.7 |
反射 | *PLUS % possible obs: 98 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.1→12 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→12 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.2 / Rfactor Rfree: 0.28 / Rfactor Rwork: 0.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: p_plane_restr / Dev ideal: 0.046 |