+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1djw | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | PHOSPHOINOSITIDE-SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C-DELTA1 FROM RAT COMPLEXED WITH INOSITOL-2-METHYLENE-1,2-CYCLIC-MONOPHOSPHONATE | ||||||
要素 | PHOSPHOINOSITIDE-SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C, ISOZYME DELTA1 | ||||||
キーワード | LIPID DEGRADATION / PHOSPHORIC DIESTER HYDROLASE / HYDROLASE / TRANSDUCER / CALCIUM-BINDING / PHOSPHOLIPASE C / PHOSPHOINOSITIDE-SPECIFIC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / response to prostaglandin F / positive regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / phosphoinositide phospholipase C / positive regulation of norepinephrine secretion / phosphatidylinositol phosphate binding / response to aluminum ion / phosphatidylinositol metabolic process / phosphatidylinositol phospholipase C activity / phosphatidic acid binding ...Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / response to prostaglandin F / positive regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / phosphoinositide phospholipase C / positive regulation of norepinephrine secretion / phosphatidylinositol phosphate binding / response to aluminum ion / phosphatidylinositol metabolic process / phosphatidylinositol phospholipase C activity / phosphatidic acid binding / phospholipase C activity / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / calcium-dependent phospholipid binding / GTPase activating protein binding / labyrinthine layer blood vessel development / phosphatidylinositol-mediated signaling / response to hyperoxia / lipid catabolic process / release of sequestered calcium ion into cytosol / regulation of cytosolic calcium ion concentration / : / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / response to calcium ion / mitochondrial membrane / phospholipid binding / response to peptide hormone / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of cell population proliferation / angiogenesis / G protein-coupled receptor signaling pathway / calcium ion binding / enzyme binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.45 Å | ||||||
データ登録者 | Essen, L.-O. / Perisic, O. / Williams, R.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: Structural mapping of the catalytic mechanism for a mammalian phosphoinositide-specific phospholipase C. 著者: Essen, L.O. / Perisic, O. / Katan, M. / Wu, Y. / Roberts, M.F. / Williams, R.L. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1996 タイトル: Crystal Structure of a Mammalian Phosphoinositide-Specific Phospholipase C Delta 著者: Essen, L.O. / Perisic, O. / Cheung, R. / Katan, M. / Williams, R.L. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1djw.cif.gz | 246.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1djw.ent.gz | 195.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1djw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1djw_validation.pdf.gz | 487.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1djw_full_validation.pdf.gz | 533.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1djw_validation.xml.gz | 53.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1djw_validation.cif.gz | 77 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/1djw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/1djw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 70574.516 Da / 分子数: 2 / 変異: DELTA(1-132) DELETION VARIANT / 由来タイプ: 組換発現 詳細: CATALYTICALLY-ACTIVE DELETION VARIANT THAT LACKS AN N-TERMINAL PH DOMAIN, COMPLEXED WITH INOSITOL-2-METHYLENE-1,2-CYCLIC-MONOPHOSPHONATE 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: CDNA FRAGMENT / プラスミド: PGEX (PHARMACIA) / 遺伝子 (発現宿主): CDNA FRAGMENT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10688, phosphoinositide phospholipase C #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 % / 解説: DATA COLLECTED AT 100 K FROM SINGLE FROZEN CRYSTAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | *PLUS 温度: 12 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: macroseeding | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID2 / 波長: 0.89 |
---|---|
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年11月4日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.89 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 95932 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.067 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.45 Å / 最低解像度: 52 Å / Num. measured all: 495077 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.316 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.45→10 Å / 交差検証法: FREE R-FACTOR / σ(F): 0 詳細: THE OCCUPANCY OF INOSITOL-2-METHYLENE-1,2-CYCLIC-MONOPHOSPHONATE WAS REFINED TO 0.65.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→10 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 94320 / Rfactor obs: 0.215 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 44 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|