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- PDB-1dj8: CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI PERIPLASMIC PROTEIN HDEA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dj8
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI PERIPLASMIC PROTEIN HDEA
要素PROTEIN HNS-DEPENDENT EXPRESSION A
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / ALPHA HELICAL (Αヘリックス)
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular stress response to acidic pH / cellular response to acidic pH / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone / unfolded protein binding / outer membrane-bounded periplasmic space / protein-folding chaperone binding / protein homodimerization activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
HNS-dependent expression A / HNS-dependent expression A superfamily / HNS-dependent expression A / HNS-dependent expression A/B / HNS-dependent expression A/B superfamily / HdeA/HdeB family / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Acid stress chaperone HdeA / Acid stress chaperone HdeA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Gajiwala, K.S. / Burley, S.K.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: HDEA, a periplasmic protein that supports acid resistance in pathogenic enteric bacteria.
著者: Gajiwala, K.S. / Burley, S.K.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crystal Structure of Escherichia coli HdeA
著者: Yang, F. / Gustafson, K.R. / Boyd, M.R. / Wlodawer, A.
#2: ジャーナル: Electrophoresis / 年: 1997
タイトル: Comparing the Predicted and Observed Properties of Proteins Encoded in the Genome of Escherichia coli K-12
著者: Link, A.J. / Robinson, K. / Church, G.H.
#3: ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 1996
タイトル: Identification of Sigma S-Dependent Genes Associated with the Stationary-Phase Acid-Resistance Phenotype of Shigella flexneri
著者: Waterman, S.R. / Small, P.L.
#4: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1996
タイトル: Evidence for GroES Acting as Transcriptional Regulator
著者: Legname, G. / Buono, P. / Fossati, G. / Monzini, N. / Mascagni, P. / Modena, D. / Marcucci, F.
#5: ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 1997
タイトル: H-NS: a Modulator of Environmentally Regulated Gene Expression
著者: Atlung, T. / Ingmer, H.
履歴
登録1999年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID
Remark 99Author sent a new reflection file to supercede the initially released SF file in December, 1999.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN HNS-DEPENDENT EXPRESSION A
B: PROTEIN HNS-DEPENDENT EXPRESSION A
C: PROTEIN HNS-DEPENDENT EXPRESSION A
D: PROTEIN HNS-DEPENDENT EXPRESSION A
E: PROTEIN HNS-DEPENDENT EXPRESSION A
F: PROTEIN HNS-DEPENDENT EXPRESSION A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5176
ポリマ－58,5176
非ポリマー00
水7,008389
1
A: PROTEIN HNS-DEPENDENT EXPRESSION A
B: PROTEIN HNS-DEPENDENT EXPRESSION A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5062
ポリマ－19,5062
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2340 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area8510 Å2
手法PISA
2
C: PROTEIN HNS-DEPENDENT EXPRESSION A
D: PROTEIN HNS-DEPENDENT EXPRESSION A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5062
ポリマ－19,5062
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2380 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area8680 Å2
手法PISA
3
E: PROTEIN HNS-DEPENDENT EXPRESSION A
F: PROTEIN HNS-DEPENDENT EXPRESSION A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5062
ポリマ－19,5062
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area8880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.0, 73.6, 74.3
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 96.8, 90.0
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN HNS-DEPENDENT EXPRESSION A / HDEA


分子量: 9752.882 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 細胞内の位置: PERIPLASMペリプラズム / 参照: UniProt: P26604, UniProt: P0AES9*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4
詳細: PEG1500, SODIUM ACETATE, pH 4, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein1drop
25 mmsodium acetate1drop
3100 mMsodium acetate1reservoir
426-30 %(w/v)PEG15001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.908
検出器タイプ: その他 / 検出器: CCD / 日付: 1997年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. all: 33169 / Num. obs: 32222 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 12 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 25.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / % possible all: 97.7
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.7 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化解像度: 2→15 Å / σ(F): 3 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 3238 -RANDOM
Rwork0.209 ---
all0.209 34032 --
obs0.209 32453 95.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3678 0 0 389 4067
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.73
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'CNS' / 分類: refinement
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.246

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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