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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d6p | |||||||||
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タイトル | HUMAN LYSOZYME L63 MUTANT LABELLED WITH 2',3'-EPOXYPROPYL N,N'-DIACETYLCHITOBIOSE | |||||||||
要素 | LYSOZYME | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / LYSOZYME / MURAMIDASE / HYDROLASE (O-GLYCOSYL) / SITE-DIRECTED MUTAGENESIS / N / N'-DIACETYLCHITOBIOSE / AFFINITY LABELING | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytolysis / metabolic process / antimicrobial humoral response / retina homeostasis / Antimicrobial peptides / specific granule lumen / azurophil granule lumen / tertiary granule lumen / lysozyme / lysozyme activity ...cytolysis / metabolic process / antimicrobial humoral response / retina homeostasis / Antimicrobial peptides / specific granule lumen / azurophil granule lumen / tertiary granule lumen / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / inflammatory response / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.23 Å | |||||||||
データ登録者 | Muraki, M. / Harata, K. / Sugita, N. / Sato, K. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000 タイトル: Protein-carbohydrate interactions in human lysozyme probed by combining site-directed mutagenesis and affinity labeling. 著者: Muraki, M. / Harata, K. / Sugita, N. / Sato, K.I. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: Dual Affinity Labeling of the Active Site of Human Lysozyme with an N-Acetyllactosamine Derivative: First Ligand Assisted Recognition of the Second Ligand 著者: Muraki, M. / Harata, K. / Sugita, N. / Sato, K. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998 タイトル: X-ray Structure of Human Lysozyme Labelled with 2',3'-Epoxypropyl b-Glycoside of Man-b1,4-GlcNAc. Structural Change and Recognition Specificity at Subsite B 著者: Muraki, M. / Harata, K. / Sugita, N. / Sato, K. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: Origin of Carbohydrate Recognition Specificity of Human Lysozyme Revealed by Affinity Labeling 著者: Muraki, M. / Harata, K. / Sugita, N. / Sato, K. #4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992 タイトル: Dissection of the Functional Role of Structural Elements of Tyrosine-63 in the Catalytic Action of Human Lysozyme 著者: Muraki, M. / Harata, K. / Jigami, Y. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1d6p.cif.gz | 37 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1d6p.ent.gz | 27.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1d6p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1d6p_validation.pdf.gz | 722.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1d6p_full_validation.pdf.gz | 724.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1d6p_validation.xml.gz | 5.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1d6p_validation.cif.gz | 7.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/1d6p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/1d6p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14670.676 Da / 分子数: 1 / 変異: Y63L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00695, UniProt: P61626*PLUS, lysozyme |
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#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.65 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 5M NH4NO3 IN 10 MM NAOAC(PH 4.5), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 288 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5148 |
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1999年5月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5148 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.23→22.27 Å / Num. all: 52931 / Num. obs: 40267 / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.23→2.32 Å / Rmerge(I) obs: 0.293 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.23→8 Å / σ(F): 2 / 詳細: 98.3 % COMPLETENESS OF DATA
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.23→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 12.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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