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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d0o | ||||||
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タイトル | BOVINE ENDOTHELIAL NITRIC OXIDE SYNTHASE HEME DOMAIN COMPLEXED WITH 3-BROMO-7-NITROINDAZOLE (H4B PRESENT) | ||||||
要素 | BOVINE ENDOTHELIAL NITRIC OXIDE SYNTHASE HEME | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / ALPHA-BETA FOLD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to laminar fluid shear stress / positive regulation of guanylate cyclase activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric oxide mediated signal transduction / nitric-oxide synthase activity / arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure ...cellular response to laminar fluid shear stress / positive regulation of guanylate cyclase activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric oxide mediated signal transduction / nitric-oxide synthase activity / arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / response to hormone / mitochondrion organization / caveola / blood coagulation / FMN binding / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / response to lipopolysaccharide / calmodulin binding / cytoskeleton / heme binding / Golgi apparatus / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Raman, C.S. / Li, H. / Martasek, P. / Southan, G.J. / Masters, B.S.S. / Poulos, T.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: Crystal structure of nitric oxide synthase bound to nitro indazole reveals a novel inactivation mechanism. 著者: Raman, C.S. / Li, H. / Martasek, P. / Southan, G. / Masters, B.S. / Poulos, T.L. #1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1998 タイトル: Crystal Structure of Constitutive Endothelial Nitric Oxide Synthase: a Paradigm for Pterin Function Involving a Novel Metal Center 著者: Raman, C.S. / Li, H. / Martasek, P. / Kral, V. / Masters, B.S. / Poulos, T.L. #2: ジャーナル: Science / 年: 1998 タイトル: Structure of Nitric Oxide Synthase Oxygenase Dimer with Pterin and Substrate 著者: Crane, B.R. / Arvai, A.S. / Ghosh, D.K. / Wu, C. / Getzoff, E.D. / Stuehr, D.J. / Tainer, J.A. #3: ジャーナル: Science / 年: 1997 タイトル: The Structure of Nitric Oxide Synthase Oxygenase Domain and Inhibitor Complexes 著者: Crane, B.R. / Arvai, A.S. / Gachhui, R. / Wu, C. / Ghosh, D.K. / Getzoff, E.D. / Stuehr, D.J. / Tainer, J.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1d0o.cif.gz | 192.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1d0o.ent.gz | 150.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1d0o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1d0o_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1d0o_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1d0o_validation.xml.gz | 37 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1d0o_validation.cif.gz | 52.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/1d0o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/1d0o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 49710.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / Cell: ENDOTHELIAL CELLS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29473, nitric-oxide synthase (NADPH) |
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-非ポリマー , 7種, 441分子
#2: 化合物 | ChemComp-ACT / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-INE / #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.55 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 4000, CACODYLATE, MAGNESIUM ACETATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 280K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: Raman, C.S., (1998) Cell (Cambridge,Mass.), 95, 939. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年12月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 73044 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 8.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.612 / % possible all: 93.5 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.95 Å / Num. measured all: 231841 / Rmerge(I) obs: 0.05 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.95→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Residues 108 to 120 are disordered, but the tentative model was included in the refinement. Cofactor H4B was present in the protein sample used for the crystallization and have been replaced ...詳細: Residues 108 to 120 are disordered, but the tentative model was included in the refinement. Cofactor H4B was present in the protein sample used for the crystallization and have been replaced by 3-Br-7-nitro-indazole during the crystal growth.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2.04 Å / Total num. of bins used: 8
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.2 / Rfactor Rwork: 0.2 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.313 / % reflection Rfree: 3.4 % / Rfactor Rwork: 0.303 |