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万見
- PDB-1d0o: BOVINE ENDOTHELIAL NITRIC OXIDE SYNTHASE HEME DOMAIN COMPLEXED WI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d0o
タイトルBOVINE ENDOTHELIAL NITRIC OXIDE SYNTHASE HEME DOMAIN COMPLEXED WITH 3-BROMO-7-NITROINDAZOLE (H4B PRESENT)
要素BOVINE ENDOTHELIAL NITRIC OXIDE SYNTHASE HEME
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALPHA-BETA FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to laminar fluid shear stress / positive regulation of guanylate cyclase activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric oxide mediated signal transduction / nitric-oxide synthase activity / arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure ...cellular response to laminar fluid shear stress / positive regulation of guanylate cyclase activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric oxide mediated signal transduction / nitric-oxide synthase activity / arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / response to hormone / mitochondrion organization / caveola / blood coagulation / FMN binding / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / response to lipopolysaccharide / calmodulin binding / cytoskeleton / heme binding / Golgi apparatus / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2 / Nitric-oxide synthase, eukaryote / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 1 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 3 superfamily ...Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2 / Nitric-oxide synthase, eukaryote / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 1 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 3 superfamily / : / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, oxygenase domain / Nitric oxide synthase (NOS) signature. / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Flavoprotein-like superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CACODYLIC ACID / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 3-BROMO-7-NITROINDAZOLE / Nitric oxide synthase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Raman, C.S. / Li, H. / Martasek, P. / Southan, G.J. / Masters, B.S.S. / Poulos, T.L.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of nitric oxide synthase bound to nitro indazole reveals a novel inactivation mechanism.
著者: Raman, C.S. / Li, H. / Martasek, P. / Southan, G. / Masters, B.S. / Poulos, T.L.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1998
タイトル: Crystal Structure of Constitutive Endothelial Nitric Oxide Synthase: a Paradigm for Pterin Function Involving a Novel Metal Center
著者: Raman, C.S. / Li, H. / Martasek, P. / Kral, V. / Masters, B.S. / Poulos, T.L.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1998
タイトル: Structure of Nitric Oxide Synthase Oxygenase Dimer with Pterin and Substrate
著者: Crane, B.R. / Arvai, A.S. / Ghosh, D.K. / Wu, C. / Getzoff, E.D. / Stuehr, D.J. / Tainer, J.A.
#3: ジャーナル: Science / 年: 1997
タイトル: The Structure of Nitric Oxide Synthase Oxygenase Domain and Inhibitor Complexes
著者: Crane, B.R. / Arvai, A.S. / Gachhui, R. / Wu, C. / Ghosh, D.K. / Getzoff, E.D. / Stuehr, D.J. / Tainer, J.A.
履歴
登録1999年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BOVINE ENDOTHELIAL NITRIC OXIDE SYNTHASE HEME
B: BOVINE ENDOTHELIAL NITRIC OXIDE SYNTHASE HEME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,38317
ポリマ－99,4202
非ポリマー2,96315
水7,674426
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12150 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area32080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.59, 106.06, 155.78
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 BOVINE ENDOTHELIAL NITRIC OXIDE SYNTHASE HEME


分子量: 49710.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / Cell: ENDOTHELIAL CELLS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29473, nitric-oxide synthase (NADPH)

-
非ポリマー , 7種, 441分子

#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 化合物
ChemComp-INE / 3-BROMO-7-NITROINDAZOLE


分子量: 242.030 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H4BrN3O2
#6: 化合物 ChemComp-CAD / CACODYLIC ACID / HYDROXYDIMETHYLARSINE OXIDE / ジメチルアルシン酸


分子量: 137.997 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H7AsO2
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 426 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.55 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 4000, CACODYLATE, MAGNESIUM ACETATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 280K
結晶化
*PLUS
詳細: Raman, C.S., (1998) Cell (Cambridge,Mass.), 95, 939.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
115 %PEG33501reservoir
2200 mMmagnesium acetate1reservoir
3100 mMsodium cacodylate1reservoir
41 mMSEITU1dropcan be replaced by 5mM L-Arg
50.035 mMSDS1drop
65 mMTCEP1dropcan be replaced by 5mM glutathione sulfonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 73044 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.612 / % possible all: 93.5
反射
*PLUS
最高解像度: 1.95 Å / Num. measured all: 231841 / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.95→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Residues 108 to 120 are disordered, but the tentative model was included in the refinement. Cofactor H4B was present in the protein sample used for the crystallization and have been replaced ...詳細: Residues 108 to 120 are disordered, but the tentative model was included in the refinement. Cofactor H4B was present in the protein sample used for the crystallization and have been replaced by 3-Br-7-nitro-indazole during the crystal growth.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 2976 5 %random
Rwork0.2 ---
obs-58970 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6593 0 173 426 7192
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.425
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.36
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.275
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.04 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 299 3.4 %
Rwork0.303 5295 -
obs--64.4 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.2 / Rfactor Rwork: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.36
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.275
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.313 / % reflection Rfree: 3.4 % / Rfactor Rwork: 0.303

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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