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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cq2 | ||||||
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タイトル | NEUTRON STRUCTURE OF FULLY DEUTERATED SPERM WHALE MYOGLOBIN AT 2.0 ANGSTROM | ||||||
要素 | MYOGLOBIN | ||||||
キーワード | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / HELICAL / GLOBULAR / ALL-HYDROGEN CONTAINING STRUCTURE / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Physeter catodon (マッコウクジラ) | ||||||
手法 | 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Shu, F. / Ramakrishnan, V. / Schoenborn, B.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000 タイトル: Enhanced visibility of hydrogen atoms by neutron crystallography on fully deuterated myoglobin. 著者: Shu, F. / Ramakrishnan, V. / Schoenborn, B.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cq2.cif.gz | 75.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1cq2.ent.gz | 58 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cq2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1cq2_validation.pdf.gz | 443.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1cq2_full_validation.pdf.gz | 443.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1cq2_validation.xml.gz | 4.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1cq2_validation.cif.gz | 6.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/1cq2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/1cq2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17234.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PROTEIN IS FULLY DEUTERATED 由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ) Plasmid details: USING T7 EXPRESSION SYSTEM / プラスミド: PET15A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02185 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-DOD / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 中性子回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE, AMMONIUM SULFATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: NUCLEAR REACTOR タイプ: HIGH FLUX BEAM REACTOR AT BROOKHAVEN NATIONAL LABORATORY 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MULTI-WIRE DETECTOR FOR NEUTRONS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年1月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→62 Å / Num. all: 15372 / Num. obs: 8685 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 10.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.158 / % possible all: 92.5 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92.5 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER 詳細: USED OMIT MAP TO DETERMINE PROTONATION STATES OF HISTINDINES
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å
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拘束条件 |
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