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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ccj | ||||||
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タイトル | CONFORMER SELECTION BY LIGAND BINDING OBSERVED WITH PROTEIN CRYSTALLOGRAPHY | ||||||
要素 | CYTOCHROME C PEROXIDASEシトクロムcペルオキシダーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / PEROXIDASE (ペルオキシダーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 シトクロムcペルオキシダーゼ / cytochrome-c peroxidase activity / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / ミトコンドリア / cellular response to oxidative stress / ミトコンドリアマトリックス / heme binding / ミトコンドリア / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Cao, Y. / Musah, R.A. / Wilcox, S.K. / Goodin, D.B. / Mcree, D.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998 タイトル: Protein conformer selection by ligand binding observed with crystallography. 著者: Cao, Y. / Musah, R.A. / Wilcox, S.K. / Goodin, D.B. / McRee, D.E. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: Small Molecule Binding to an Artificially Created Cavity at the Active Site of Cytochrome C Peroxidase 著者: Fitzgerald, M.M. / Churchill, M.J. / Mcree, D.E. / Goodin, D.B. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993 タイトル: The Asp-His-Fe Triad of Cytochrome C Peroxidase Controls the Reduction Potential, Electronic Structure, and Coupling of the Tryptophan Free Radical to the Heme 著者: Goodin, D.B. / Mcree, D.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ccj.cif.gz | 82.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ccj.ent.gz | 64.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ccj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/1ccj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/1ccj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1ccaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33497.293 Da / 分子数: 1 / 変異: T1M, T2K, P3T, F202G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 細胞株: BL21 / 細胞内の位置: MITOCHONDRIAミトコンドリア / 遺伝子: CCP / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア / プラスミド: PT7CCP / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): CCP(MKT) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: P00431, シトクロムcペルオキシダーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THIS CYTOCHROME C PEROXIDASE DIFFERS FROM 2CYP BY STRAIN-RELATED SUBSTITUTIONS OF THR 52 BY ILE AND ...THIS CYTOCHROME |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: dialaysis / 詳細: DIALYSIS AGAINST DISTILLED WATER, dialaysis | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 290 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年12月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.1 Å / Num. obs: 36693 / % possible obs: 82 % / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 34.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 20.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.07→2.16 Å / 冗長度: 1.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.431 / % possible all: 56 |
反射 | *PLUS Num. obs: 23195 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 56 % / Rmerge(I) obs: 0.431 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1CCA 解像度: 2.1→5 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 1 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→5 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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