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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cb0 | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF HUMAN 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLASE AT 1.7 A RESOLUTION | ||||||
要素 | PROTEIN (5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLASE) | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLASE / PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE / PURINE SALVAGE / ADENINE (アデニン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Methionine salvage pathway / S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / 1,4-alpha-oligoglucan phosphorylase activity / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / nucleobase-containing compound metabolic process / purine ribonucleoside salvage / response to testosterone / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / メチル化 ...Methionine salvage pathway / S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / 1,4-alpha-oligoglucan phosphorylase activity / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / nucleobase-containing compound metabolic process / purine ribonucleoside salvage / response to testosterone / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / メチル化 / extracellular exosome / 核質 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Appleby, T.C. / Erion, M.D. / Ealick, S.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999 タイトル: The structure of human 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase at 1.7 A resolution provides insights into substrate binding and catalysis. 著者: Appleby, T.C. / Erion, M.D. / Ealick, S.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cb0.cif.gz | 66.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1cb0.ent.gz | 49.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cb0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/1cb0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/1cb0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31277.053 Da / 分子数: 1 / 変異: ILE56VAL / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: PLACENTA胎盤 解説: MTAP CDNA WAS ISOLATED FROM A HUMAN PLACENTA CDNA LIBRARY AND EXPRESSED IN E. COLI 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q13126, S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase |
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#2: 化合物 | ChemComp-ADE / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.4 / 詳細: pH 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.919 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1997年11月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.919 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 39479 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 16 Å2 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 12.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / Rsym value: 0.078 / % possible all: 83.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 276082 / Rmerge(I) obs: 0.045 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 83.7 % / Rmerge(I) obs: 0.078 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 詳細: RESIDUES 282 AND 283 WERE NOT SEEN IN THE ELECTRON DENSITY MAPS DUE TO DISORDER
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原子変位パラメータ | Biso mean: 17.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPH19.PEP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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