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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c3n | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HELIANTHUS TUBEROSUS LECTIN COMPLEXED TO MAN(1-2)MAN | |||||||||
要素 | AGGLUTININ | |||||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / AGGLUTININ / BETA-PRISM / MANNOSE (マンノース) / JACALIN-RELATED | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Helianthus tuberosus (イヌキクイモ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.45 Å | |||||||||
データ登録者 | Bourne, Y. / Zamboni, V. / Barre, A. / Peumans, W.J. / van Damme, E.J.M. / Rouge, P. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999 タイトル: Helianthus tuberosus lectin reveals a widespread scaffold for mannose-binding lectins. 著者: Bourne, Y. / Zamboni, V. / Barre, A. / Peumans, W.J. / Van Damme, E.J. / Rouge, P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1c3n.cif.gz | 41.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1c3n.ent.gz | 29.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1c3n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/1c3n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/1c3n | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
| x 8||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15501.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: TUBER / 由来: (天然) Helianthus tuberosus (イヌキクイモ) / 参照: GenBank: AAD11575, UniProt: Q9ZQY5*PLUS |
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#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose / 2alpha-alpha-mannobiose |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.82 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: 26-28% PEG MONOMETHYL ESTER 0.2 M MAGNESIUM ACETATE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年7月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→12 Å / Num. obs: 6269 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 42.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 7.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.55 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / % possible all: 93.3 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 53576 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.45→12 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→12 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: 'CNS' / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 6269 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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