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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bxe | ||||||
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タイトル | RIBOSOMAL PROTEIN L22 FROM THERMUS THERMOPHILUS | ||||||
要素 | PROTEIN (RIBOSOMAL PROTEIN L22) | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RIBOSOMAL PROTEIN / PROTEIN SYNTHESIS (タンパク質生合成) / RNA BINDING (リボ核酸) / ANTIBIOTICS RESISTANCE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Unge, J. / Aberg, A. / Al-Karadaghi, S. / Nikulin, A. / Nikonov, S. / Davydova, N. / Nevskaya, N. / Garber, M. / Liljas, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1998 タイトル: The crystal structure of ribosomal protein L22 from Thermus thermophilus: insights into the mechanism of erythromycin resistance. 著者: Unge, J. / berg, A. / Al-Kharadaghi, S. / Nikulin, A. / Nikonov, S. / Davydova, N. / Nevskaya, N. / Garber, M. / Liljas, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bxe.cif.gz | 31 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bxe.ent.gz | 23.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bxe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/1bxe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/1bxe | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12901.846 Da / 分子数: 1 / 変異: MET1MSE, MET64MSE / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 細胞内の位置: RIBOSOMEリボソーム / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P48286 | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 % | |||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7 | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 4.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.012 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.012 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 12173 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.053 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / Rmerge(I) obs: 0.159 / % possible all: 94.8 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94.8 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.9→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.99 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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