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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bry | ||||||
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タイトル | BRYODIN TYPE I RIP | ||||||
要素 | BRYODIN I | ||||||
キーワード | RIBOSOME-INACTIVATING PROTEIN / IMMUNOTOXIN (免疫毒素) / BRYODIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RRNA-N-グリコシラーゼ / rRNA N-glycosylase activity / defense response / toxin activity / negative regulation of translation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bryonia dioica (植物) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Klei, H.E. / Chang, C.Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: Molecular, biological, and preliminary structural analysis of recombinant bryodin 1, a ribosome-inactivating protein from the plant Bryonia dioica. 著者: Gawlak, S.L. / Neubauer, M. / Klei, H.E. / Chang, C.Y. / Einspahr, H.M. / Siegall, C.B. #1: ジャーナル: Bioconjug.Chem. / 年: 1994 タイトル: Characterization of Ribosome-Inactivating Proteins Isolated from Bryonia Dioica and Their Utility as Carcinoma-Reactive Immunoconjugates 著者: Siegall, C.B. / Gawlak, S.L. / Chace, D. / Wolff, E.A. / Mixan, B. / Marquardt, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bry.cif.gz | 97.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bry.ent.gz | 79.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bry.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/1bry ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/1bry | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1tcsS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.962022, -0.161317, -0.220205), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27202.820 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1 - 247 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bryonia dioica (植物) 解説: CDNA SEQUENCE ISOLATED FROM BRYONIA DIOICA LEAF MRNA 器官: LEAF / プラスミド: PSE 13.0 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): LAMBDA DE3 / 参照: UniProt: P33185, RRNA-N-グリコシラーゼ |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % 解説: TRICHOSANTHIN MODEL TRUNCATED WITH PROGRAM MUTATE (S.SHERIFF) TO SELECT COMMON ATOMS BASED ON SEQUENCE ALIGNMENT. |
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結晶化 | pH: 6 詳細: 0.1M MES (PH 6.0), 23% MEPEG5K, 0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.1M LICL |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
溶液の組成 | *PLUS 一般名: PEG5000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年7月2日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→34 Å / Num. obs: 31074 / % possible obs: 89.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 25.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Mean I/σ(I) obs: 8.7 / % possible all: 68.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1TCS 解像度: 2.1→8 Å / σ(F): 1 詳細: NCS RESTRAINTS BETWEEN THE TWO MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT WERE USED FOR THE FIRST TWO REFINEMENT CYCLES BUT WERE REMOVED FOR ALL SUBSEQUENT CYCLES WHEN RFREE WAS SHOWN TO DECREASE BY ...詳細: NCS RESTRAINTS BETWEEN THE TWO MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT WERE USED FOR THE FIRST TWO REFINEMENT CYCLES BUT WERE REMOVED FOR ALL SUBSEQUENT CYCLES WHEN RFREE WAS SHOWN TO DECREASE BY APPROXIMATELY THE SAME AMOUNT AS R WHEN THE RESTRAINTS WERE REMOVED.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 13 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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