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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bhs | ||||||
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タイトル | HUMAN ESTROGENIC 17BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE | ||||||
要素 | 17BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE / STEROID DEHYDROGENASE / ESTROGEN (エストロゲン) / HUMAN TYPE I 17BETA-HSD / HUMAN PLACENTAL 17BETA-HSD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 estradiol binding / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / estrogen biosynthetic process / testosterone dehydrogenase [NAD(P)] activity / cellular response to metal ion / Estrogen biosynthesis / dihydrotestosterone 17-beta-dehydrogenase activity / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / testosterone biosynthetic process ...estradiol binding / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / estrogen biosynthetic process / testosterone dehydrogenase [NAD(P)] activity / cellular response to metal ion / Estrogen biosynthesis / dihydrotestosterone 17-beta-dehydrogenase activity / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / testosterone biosynthetic process / testosterone 17-beta-dehydrogenase (NADP+) activity / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)] activity / steroid biosynthetic process / estrogen metabolic process / NADP+ binding / lysosome organization / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / small molecule binding / adipose tissue development / catalytic activity / skeletal muscle tissue development / steroid binding / 骨 / 遺伝子発現 / NADP binding / protein homodimerization activity / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Ghosh, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1995 タイトル: Structure of human estrogenic 17 beta-hydroxysteroid dehydrogenase at 2.20 A resolution. 著者: Ghosh, D. / Pletnev, V.Z. / Zhu, D.W. / Wawrzak, Z. / Duax, W.L. / Pangborn, W. / Labrie, F. / Lin, S.X. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of the Complex of Human Placental 17 Beta-Hydroxysteroid Dehydrogenase with Nadp+ 著者: Zhu, D.W. / Lee, X. / Breton, R. / Ghosh, D. / Pangborn, W. / Daux, W.L. / Lin, S.X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bhs.cif.gz | 67 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bhs.ent.gz | 49.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bhs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/1bhs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/1bhs | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34887.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14061, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年11月16日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 14079 / % possible obs: 81 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.064 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / Num. measured all: 43960 |
反射 シェル | *PLUS Mean I/σ(I) obs: 2.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→8 Å / σ(F): 1 詳細: THE REGION 192 - 200 IS VERY POORLY DEFINED IN THE ELECTRON DENSITY MAPS AND WAS MODELED STEREOCHEMICALLY.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 39 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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