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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1az2 | ||||||
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タイトル | CITRATE BOUND, C298A/W219Y MUTANT HUMAN ALDOSE REDUCTASE | ||||||
要素 | ALDOSE REDUCTASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / ALDO-KETO REDUCTASE / INHIBITOR BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glyceraldehyde oxidoreductase activity / Fructose biosynthesis / fructose biosynthetic process / L-glucuronate reductase activity / glycerol dehydrogenase (NADP+) activity / D/L-glyceraldehyde reductase / aldose reductase / C21-steroid hormone biosynthetic process / Pregnenolone biosynthesis / NADP-retinol dehydrogenase ...glyceraldehyde oxidoreductase activity / Fructose biosynthesis / fructose biosynthetic process / L-glucuronate reductase activity / glycerol dehydrogenase (NADP+) activity / D/L-glyceraldehyde reductase / aldose reductase / C21-steroid hormone biosynthetic process / Pregnenolone biosynthesis / NADP-retinol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase activity / L-ascorbic acid biosynthetic process / metanephric collecting duct development / prostaglandin H2 endoperoxidase reductase activity / regulation of urine volume / all-trans-retinol dehydrogenase (NADP+) activity / renal water homeostasis / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / epithelial cell maturation / retinal dehydrogenase activity / aldose reductase (NADPH) activity / retinoid metabolic process / cellular hyperosmotic salinity response / carbohydrate metabolic process / electron transfer activity / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Harrison, D.H. / Bohren, K.M. / Ringe, D. / Petsko, G.A. / Gabbay, K.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: The alrestatin double-decker: binding of two inhibitor molecules to human aldose reductase reveals a new specificity determinant. 著者: Harrison, D.H. / Bohren, K.M. / Petsko, G.A. / Ringe, D. / Gabbay, K.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1az2.cif.gz | 68.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1az2.ent.gz | 50.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1az2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1az2_validation.pdf.gz | 692.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1az2_full_validation.pdf.gz | 707.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1az2_validation.xml.gz | 14.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1az2_validation.cif.gz | 18.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/1az2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/1az2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35712.047 Da / 分子数: 1 / 変異: W219Y, C298A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CITRATE BOUND / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: BL21 / 遺伝子: ALR2 / プラスミド: PET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): ALR2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P15121, aldose reductase |
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#2: 化合物 | ChemComp-NAP / |
#3: 化合物 | ChemComp-CIT / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.25 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-6 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年8月1日 |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→40 Å / Num. obs: 7308 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rsym value: 0.128 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.225 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 31641 / Rmerge(I) obs: 0.128 |
反射 シェル | *PLUS Num. unique obs: 1288 / Num. measured obs: 4819 / Rmerge(I) obs: 0.225 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER 開始モデル: PDB ENTRY 2ACS 解像度: 2.9→10 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→3.03 Å / Total num. of bins used: 8 /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: XDS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / % reflection Rfree: 2.5 % / Rfactor obs: 0.196 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.23 |