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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1amj | ||||||
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タイトル | STERIC AND CONFORMATIONAL FEATURES OF THE ACONITASE MECHANISM | ||||||
要素 | ACONITASEアコニターゼ | ||||||
キーワード | LYASE(CARBON-OXYGEN) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Citric acid cycle (TCA cycle) / アコニターゼ / aconitate hydratase activity / citrate metabolic process / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / クエン酸回路 / ferrous iron binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding / ミトコンドリア / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Stout, C.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 1995 タイトル: Steric and conformational features of the aconitase mechanism. 著者: Lauble, H. / Stout, C.D. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Crystal Structures of Aconitase with Trans-Aconitate and Nitrocitrate Bound 著者: Lauble, H. / Kennedy, M.C. / Beinert, H. / Stout, C.D. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992 タイトル: Crystal Structures of Aconitase with Isocitrate and Nitroisocitrate Bound 著者: Lauble, H. / Kennedy, M.C. / Beinert, H. / Stout, C.D. #3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1989 タイトル: Structure of Activated Aconitase. Formation of the (4Fe-4S) Cluster in the Crystal 著者: Robbins, A.H. / Stout, C.D. #5: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1985 タイトル: Iron-Sulfur Cluster in Aconitase. Crystallographic Evidence for a Three-Iron Center 著者: Robbins, A.H. / Stout, C.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1amj.cif.gz | 164.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1amj.ent.gz | 128.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1amj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/1amj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/1amj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 325 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 82764.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P20004, アコニターゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-OH / |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 化合物 | ChemComp-SF4 / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.23 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 213254 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Num. obs: 58806 / Num. measured all: 213254 / Rmerge(I) obs: 0.076 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.1 Å / % possible obs: 43.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→8 Å / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection all: 57828 / Rfactor all: 0.168 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.01 |