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- PDB-1a8s: CHLOROPEROXIDASE F/PROPIONATE COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a8s
タイトルCHLOROPEROXIDASE F/PROPIONATE COMPLEX
要素CHLOROPEROXIDASE F
キーワードHALOPEROXIDASE / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / PROPIONATE COMPLEX (プロピオン酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


クロライドペルオキシダーゼ / chloride peroxidase activity
類似検索 - 分子機能
Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
プロピオン酸 / Non-heme chloroperoxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Hofmann, B. / Toelzer, S. / Pelletier, I. / Altenbuchner, J. / Van Pee, K.-H. / Hecht, H.-J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Structural investigation of the cofactor-free chloroperoxidases.
著者: Hofmann, B. / Tolzer, S. / Pelletier, I. / Altenbuchner, J. / van Pee, K.H. / Hecht, H.J.
履歴
登録1998年3月27日処理サイト: BNL
改定 1.01998年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHLOROPEROXIDASE F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0116
ポリマ－29,5531
非ポリマー4585
水6,035335
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: CHLOROPEROXIDASE F
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)360,13872
ポリマ－354,63812
非ポリマー5,50060
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_566z,-x+1,-y+11
crystal symmetry operation7_665-z+1,-x+1,y1
crystal symmetry operation8_656-z+1,x,-y+11
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_656-y+1,z,-x+11
crystal symmetry operation11_566y,-z+1,-x+11
crystal symmetry operation12_665-y+1,-z+1,x1
Buried area31680 Å2
ΔGint-758 kcal/mol
Surface area106890 Å2
手法PISA
3
A: CHLOROPEROXIDASE F
ヘテロ分子

A: CHLOROPEROXIDASE F
ヘテロ分子

A: CHLOROPEROXIDASE F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,03418
ポリマ－88,6593
非ポリマー1,37515
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_665-z+1,-x+1,y1
crystal symmetry operation10_656-y+1,z,-x+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)106.470, 106.470, 106.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number195
Space group name H-MP23

-
要素

#1: タンパク質 CHLOROPEROXIDASE F / HALOPEROXIDASE F


分子量: 29553.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 株: BL914 / 遺伝子: CPOF / プラスミド: PSK12 / 遺伝子 (発現宿主): CPOF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O31158, クロライドペルオキシダーゼ
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PPI / PROPANOIC ACID / プロピオン酸 / プロピオン酸


分子量: 74.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.1 %
結晶化pH: 6.6
詳細: 1.0 M AMMONIUM SULFATE 50MM CITRATE/PHOSPHATE BUFFER PH 6.6
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
150 mMcitrate-phosphate1reservoir
2100 mMsodium propionate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年10月1日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→35.5 Å / Num. obs: 33363 / % possible obs: 88.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 18.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.88 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.197 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 80.7
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 80.7 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4モデル構築
REFMAC精密化
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: REFINED COORDINATES OF CHLOROPEROXIDASE L

解像度: 1.8→70 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 1668 5 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.173 33363 88.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20.57 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 8.4 Å / Luzzati sigma a obs: 0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→70 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2085 0 25 335 2445
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0170.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0310.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0370.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.522
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.883
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.052
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.923
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0240.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1540.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1730.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1950.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor47
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor14.915
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor33.820
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor015

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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