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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a41 | ||||||
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タイトル | TYPE 1-TOPOISOMERASE CATALYTIC FRAGMENT FROM VACCINIA VIRUS | ||||||
要素 | TOPOISOMERASE ITOP1 | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / TYPE 1B TOPOISOMERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNAトポイソメラーゼ / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / DNA topological change / virion component / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Cheng, C. / Kussie, P. / Pavletich, N. / Shuman, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1998 タイトル: Conservation of structure and mechanism between eukaryotic topoisomerase I and site-specific recombinases. 著者: Cheng, C. / Kussie, P. / Pavletich, N. / Shuman, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1a41.cif.gz | 73.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1a41.ent.gz | 54.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1a41.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/1a41 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/1a41 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27274.953 Da / 分子数: 1 / 断片: CARBOXY-TERMINAL CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) 属: Orthopoxvirus / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P68698, DNAトポイソメラーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.6 / 詳細: pH 5.6 | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.908 |
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1997年7月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.908 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 13123 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 3 / Rsym value: 0.049 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Rsym value: 0.224 / % possible all: 99.1 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 114536 / Rmerge(I) obs: 0.049 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.1 % / Rmerge(I) obs: 0.224 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.3→20 Å / σ(F): 3
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |