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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a29 | ||||||
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タイトル | CALMODULIN COMPLEXED WITH TRIFLUOPERAZINE (1:2 COMPLEX) | ||||||
要素 | CALMODULIN | ||||||
キーワード | CALCIUM-BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / spindle pole / protein domain specific binding / calcium ion binding / protein-containing complex / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å | ||||||
データ登録者 | Bocskei, Zs. / Harmat, V. / Vertessy, B.G. / Ovadi, J. / Naray-Szabo, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Simultaneous binding of drugs with different chemical structures to Ca2+-calmodulin: crystallographic and spectroscopic studies. 著者: Vertessy, B.G. / Harmat, V. / Bocskei, Z. / Naray-Szabo, G. / Orosz, F. / Ovadi, J. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: Drug Binding by Calmodulin: Crystal Structure of a Calmodulin-Trifluoperazine Complex 著者: Cook, W.J. / Walter, L.J. / Walter, M.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1a29.cif.gz | 40.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1a29.ent.gz | 27.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1a29.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1a29_validation.pdf.gz | 954 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1a29_full_validation.pdf.gz | 955.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1a29_validation.xml.gz | 8.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1a29_validation.cif.gz | 9.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/1a29 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/1a29 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1linS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16721.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 器官: BRAIN / 参照: UniProt: P62157 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY SITTING DROP TECHNIQUE IN THE COLD ROOM (8 DEGREES C +/- 2 DEGREES C) BY MIXING 4 MICROLITERS OF 1 MM PROTEIN CONTAINING 1.2-1.5 MM TFP IN 5 MM CACL2 WITH 4 ...詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY SITTING DROP TECHNIQUE IN THE COLD ROOM (8 DEGREES C +/- 2 DEGREES C) BY MIXING 4 MICROLITERS OF 1 MM PROTEIN CONTAINING 1.2-1.5 MM TFP IN 5 MM CACL2 WITH 4 MICROLITERS OF THE RESERVOIR SOLUTION (1 ML 10 MM SODIUM CACODYLATE/HCL BUFFER, PH 5.2-5.6 WITH 10 MM CACL2, 25-30 % (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 6000), CRYSTAL GROWTH TOOK 2-3 WEEKS., pH 5.0 Temp details: cold room (8 +/-2 C) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 6-10 ℃ / pH: 5.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年2月1日 / 詳細: NORMAL FOCUS |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.74→87.7 Å / Num. obs: 17223 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.92 % / Biso Wilson estimate: 32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.0737 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.74→2.86 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Mean I/σ(I) obs: 1.84 / Rsym value: 0.205 / % possible all: 98.2 |
反射 | *PLUS Num. obs: 5036 / % possible obs: 95.1 % / Num. measured all: 12467 / Rmerge(I) obs: 0.0737 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1LIN 解像度: 2.74→59.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: GROUPED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.74→59.19 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.74→2.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.098 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 2 / Rfactor Rfree: 0.2654 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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