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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 115d | ||||||||||||||||||
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タイトル | ORDERED WATER STRUCTURE IN AN A-DNA OCTAMER AT 1.7 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA (デオキシリボ核酸) / A-DNA (A-DNA) / DOUBLE HELIX / MODIFIED | 機能・相同性 | デオキシリボ核酸 | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å | データ登録者 | Kennard, O. / Cruse, W.B.T. / Nachman, J. / Prange, T. / Shakked, Z. / Rabinovich, D. | 引用 | ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 1986 タイトル: Ordered water structure in an A-DNA octamer at 1.7 A resolution. 著者: Kennard, O. / Cruse, W.B. / Nachman, J. / Prange, T. / Shakked, Z. / Rabinovich, D. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1989 タイトル: Coexistence of A-and B-Form DNA in a Single Crystal Lattice 著者: Doucet, J. / Benoit, J.-P. / Cruse, W.B.T. / Prange, T. / Kennard, O. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1983 タイトル: Sequence-Dependent Conformation of an A-DNA Double Helix. The Crystal Structure of the Octamer d(G-G-T-A-T-A-C-C) 著者: Shakked, Z. / Rabinovich, D. / Kennard, O. / Cruse, W.B.T. / Salisbury, S.A. / Viswamitra, M.A. #3: ジャーナル: Proc.R.Soc.London,Ser.B / 年: 1981 タイトル: Crystalline A-DNA. The X-Ray Analysis of the Fragment d(G-G-T-A-T-A-C-C) 著者: Shakked, Z. / Rabinovich, D. / Cruse, W.B.T. / Egert, E. / Kennard, O. / Sala, G. / Salisbury, S.A. / Viswamitra, M.A. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 115d.cif.gz | 18.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb115d.ent.gz | 12.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 115d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/15/115d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/15/115d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2556.357 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.62 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 最高解像度: 1.7 Å / Num. obs: 4669 / Observed criterion σ(F): 2 | ||||||||||||
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / Num. all: 5833 / Observed criterion σ(F): 2 / Rmerge(I) obs: 0.097 |
-解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.7→10 Å / σ(F): 2 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→10 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: NUCLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.14 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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