+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 109m | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | SPERM WHALE MYOGLOBIN D122N ETHYL ISOCYANIDE AT PH 9.0 | ||||||
要素 | MYOGLOBIN | ||||||
キーワード | OXYGEN TRANSPORT / LIGAND BINDING / OXYGEN STORAGE / OXYGEN BINDING / HEME | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Physeter catodon (マッコウクジラ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å | ||||||
データ登録者 | Smith, R.D. / Olson, J.S. / Phillips Jr., G.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Thesis, Rice / 年: 1999 タイトル: Correlations between Bound N-Alkyl Isocyanide Orientations and Pathways for Ligand Binding in Recombinant Myoglobins 著者: Smith, R.D. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 109m.cif.gz | 50.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb109m.ent.gz | 34.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 109m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 109m_validation.pdf.gz | 800.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 109m_full_validation.pdf.gz | 804.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 109m_validation.xml.gz | 11 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 109m_validation.cif.gz | 15.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/09/109m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/09/109m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
---|
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17365.164 Da / 分子数: 1 / 変異: INS(M0), D122N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ) 組織: SKELETAL MUSCLE / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 器官: SKELETAL / プラスミド: PEMBL 19+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PHAGE RESISTANT TB1 / 参照: UniProt: P02185 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#4: 化合物 | ChemComp-ENC / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.9 % |
---|---|
結晶化 | pH: 9 詳細: 3.0 M AMMONIUM SULFATE, 20 MM TRIS, 1MM EDTA, PH 9.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 292 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年6月1日 / 詳細: PINHOLE COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.83→6 Å / Num. obs: 15743 / % possible obs: 80.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.35 % / Biso Wilson estimate: 17.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 |
反射 シェル | 解像度: 1.83→1.84 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.268 / % possible all: 85.6 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: SPERM WHALE MYOGLOBIN 0M, D122N (DEOXY) 解像度: 1.83→5 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.83→5 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.83→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 8
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|