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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9952 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of the native supercoiled hook as a universal joint | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Flagella motor / Hook / Native structure / Supercoiled / FlgE / MOTOR PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) / Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Kato T / Miyata T | |||||||||||||||
資金援助 | 日本, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Structure of the native supercoiled flagellar hook as a universal joint. 著者: Takayuki Kato / Fumiaki Makino / Tomoko Miyata / Péter Horváth / Keiichi Namba / 要旨: The Bacterial flagellar hook is a short supercoiled tubular structure made from a helical assembly of the hook protein FlgE. The hook acts as a universal joint that connects the flagellar basal body ...The Bacterial flagellar hook is a short supercoiled tubular structure made from a helical assembly of the hook protein FlgE. The hook acts as a universal joint that connects the flagellar basal body and filament, and smoothly transmits torque generated by the rotary motor to the helical filament propeller. In peritrichously flagellated bacteria, the hook allows the filaments to form a bundle behind the cell for swimming, and for the bundle to fall apart for tumbling. Here we report a native supercoiled hook structure at 3.6 Å resolution by cryoEM single particle image analysis of the polyhook. The atomic model built into the three-dimensional (3D) density map reveals the changes in subunit conformation and intersubunit interactions that occur upon compression and extension of the 11 protofilaments during their smoke ring-like rotation. These observations reveal how the hook functions as a dynamic molecular universal joint with high bending flexibility and twisting rigidity. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9952.map.gz | 116.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9952-v30.xml emd-9952.xml | 15.4 KB 15.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_9952_fsc.xml | 11.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_9952.png | 156.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-9952.cif.gz | 5.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9952 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9952 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9952_validation.pdf.gz | 836.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9952_full_validation.pdf.gz | 835.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9952_validation.xml.gz | 12.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_9952_validation.cif.gz | 16.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9952 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9952 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9952.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.097 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Native supercoiled hook
全体 | 名称: Native supercoiled hook |
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要素 |
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-超分子 #1: Native supercoiled hook
超分子 | 名称: Native supercoiled hook / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 42979 kDa/nm |
-分子 #1: Flagellar hook protein FlgE
分子 | 名称: Flagellar hook protein FlgE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 26 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 42.101957 KDa |
配列 | 文字列: SFSQAVSGLN AAATNLDVIG NNIANSATYG FKSGTASFAD MFAGSKVGLG VKVAGITQDF TDGTTTNTGR GLDVAISQNG FFRLVDSNG SVFYSRNGQF KLDENRNLVN MQGMQLTGYP ATGTPPTIQQ GANPAPITIP NTLMAAKSTT TASMQINLNS T DPVPSKTP ...文字列: SFSQAVSGLN AAATNLDVIG NNIANSATYG FKSGTASFAD MFAGSKVGLG VKVAGITQDF TDGTTTNTGR GLDVAISQNG FFRLVDSNG SVFYSRNGQF KLDENRNLVN MQGMQLTGYP ATGTPPTIQQ GANPAPITIP NTLMAAKSTT TASMQINLNS T DPVPSKTP FSVSDADSYN KKGTVTVYDS QGNAHDMNVY FVKTKDNEWA VYTHDSSDPA ATAPTTASTT LKFNENGILE SG GTVNITT GTINGATAAT FSLSFLNSMQ QNTGANNIVA TNQNGYKPGD LVSYQINNDG TVVGNYSNEQ EQVLGQIVLA NFA NNEGLA SQGDNVWAAT QASGVALLGT AGSGNFGKLT NGALEASNVD LSKELVNMIV AQRNYQSNAQ TIKTQDQILN TLVN LR UniProtKB: Flagellar hook protein FlgE |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: MOLYBDENUM / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 200 |
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温度 | 最低: 99.7 K / 最高: 100.5 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-50 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1702 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 0.87 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.4 mm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT | ||||||||
得られたモデル | PDB-6k9q: |