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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9898 | |||||||||
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タイトル | Structure of the mouse TRPC4 ion channel | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of action potential firing rate / positive regulation of store-operated calcium entry / gamma-aminobutyric acid secretion / store-operated calcium channel activity / cation channel complex / TRPチャネル / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / calcium ion import / cortical cytoskeleton / oligodendrocyte differentiation ...regulation of action potential firing rate / positive regulation of store-operated calcium entry / gamma-aminobutyric acid secretion / store-operated calcium channel activity / cation channel complex / TRPチャネル / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / calcium ion import / cortical cytoskeleton / oligodendrocyte differentiation / regulation of calcium ion transport / calcium channel complex / regulation of cytosolic calcium ion concentration / カベオラ / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / beta-catenin binding / calcium ion transport / cell-cell junction / basolateral plasma membrane / cadherin binding / 脂質ラフト / 細胞膜 / protein-containing complex / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å | |||||||||
データ登録者 | Duan J / Li Z / Li J / Zhang J | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Structure of the mouse TRPC4 ion channel. 著者: Jingjing Duan / Jian Li / Bo Zeng / Gui-Lan Chen / Xiaogang Peng / Yixing Zhang / Jianbin Wang / David E Clapham / Zongli Li / Jin Zhang / 要旨: Members of the transient receptor potential (TRP) ion channels conduct cations into cells. They mediate functions ranging from neuronally mediated hot and cold sensation to intracellular organellar ...Members of the transient receptor potential (TRP) ion channels conduct cations into cells. They mediate functions ranging from neuronally mediated hot and cold sensation to intracellular organellar and primary ciliary signaling. Here we report a cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of TRPC4 in its unliganded (apo) state to an overall resolution of 3.3 Å. The structure reveals a unique architecture with a long pore loop stabilized by a disulfide bond. Beyond the shared tetrameric six-transmembrane fold, the TRPC4 structure deviates from other TRP channels with a unique cytosolic domain. This unique cytosolic N-terminal domain forms extensive aromatic contacts with the TRP and the C-terminal domains. The comparison of our structure with other known TRP structures provides molecular insights into TRPC4 ion selectivity and extends our knowledge of the diversity and evolution of the TRP channels. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9898.map.gz | 4.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9898-v30.xml emd-9898.xml | 11.4 KB 11.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_9898_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_9898.png | 165.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9898 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9898 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9898.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Mouse TRPC4
全体 | 名称: Mouse TRPC4 |
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要素 |
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-超分子 #1: Mouse TRPC4
超分子 | 名称: Mouse TRPC4 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
-分子 #1: Short transient receptor potential channel 4
分子 | 名称: Short transient receptor potential channel 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 87.561516 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MAQFYYKRNV NAPYRDRIPL RIVRAESELS PSEKAYLNAV EKGDYASVKK SLEEAEIYFK ININCIDPLG RTALLIAIEN ENLELIELL LSFNVYVGDA LLHAIRKEVV GAVELLLNHK KPSGEKQVPP ILLDKQFSEF TPDITPIILA AHTNNYEIIK L LVQKGVSV ...文字列: MAQFYYKRNV NAPYRDRIPL RIVRAESELS PSEKAYLNAV EKGDYASVKK SLEEAEIYFK ININCIDPLG RTALLIAIEN ENLELIELL LSFNVYVGDA LLHAIRKEVV GAVELLLNHK KPSGEKQVPP ILLDKQFSEF TPDITPIILA AHTNNYEIIK L LVQKGVSV PRPHEVRCNC VECVSSSDVD SLRHSRSRLN IYKALASPSL IALSSEDPFL TAFQLSWELQ ELSKVENEFK SE YEELSRQ CKQFAKDLLD QTRSSRELEI ILNYRDDNSL IEEQSGNDLA RLKLAIKYRQ KEFVAQPNCQ QLLASRWYDE FPG WRRRHW AVKMVTCFII GLLFPVFSVC YLIAPKSPLG LFIRKPFIKF ICHTASYLTF LFLLLLASQH IDRSDLNRQG PPPT IVEWM ILPWVLGFIW GEIKQMWDGG LQDYIHDWWN LMDFVMNSLY LATISLKIVA FVKYSALNPR ESWDMWHPTL VAEAL FAIA NIFSSLRLIS LFTANSHLGP LQISLGRMLL DILKFLFIYC LVLLAFANGL NQLYFYYEET KGLSCKGIRC EKQNNA FST LFETLQSLFW SIFGLINLYV TNVKAQHEFT EFVGATMFGT YNVISLVVLL NMLIAMMNNS YQLIADHADI EWKFART KL WMSYFEEGGT LPTPFNVIPS PKSLWYLVKW IWTHLCKKKM RRKPESFGTI GRRAADNLRR HHQYQEVMRN LVKRYVAA M IREAKTEEGL TEENVKELKQ DISSFRFEVL GLLR |
-分子 #2: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子 | 名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: Y01 |
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分子量 | 理論値: 486.726 Da |
Chemical component information | ChemComp-Y01: |
-分子 #3: 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE
分子 | 名称: 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: LPP |
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分子量 | 理論値: 648.891 Da |
Chemical component information | ChemComp-LPP: |
-分子 #4: SODIUM ION
分子 | 名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 |
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分子量 | 理論値: 22.99 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 56.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |