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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9767 | |||||||||
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タイトル | Doublet microtubule of fap52 null mutant | |||||||||
マップデータ | fap52_DMT | |||||||||
試料 |
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生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 40.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Owa M / Uchihashi T / Yanagisawa H / Yamano T / Iguchi H / Fukuzawa H / Wakabayashi K / Ando T / Kikkawa M | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Inner lumen proteins stabilize doublet microtubules in cilia and flagella. 著者: Mikito Owa / Takayuki Uchihashi / Haru-Aki Yanagisawa / Takashi Yamano / Hiro Iguchi / Hideya Fukuzawa / Ken-Ichi Wakabayashi / Toshio Ando / Masahide Kikkawa / 要旨: Motile cilia are microtubule-based organelles that play important roles in most eukaryotes. Although axonemal microtubules are sufficiently stable to withstand their beating motion, it remains ...Motile cilia are microtubule-based organelles that play important roles in most eukaryotes. Although axonemal microtubules are sufficiently stable to withstand their beating motion, it remains unknown how they are stabilized while serving as tracks for axonemal dyneins. To address this question, we have identified two uncharacterized proteins, FAP45 and FAP52, as microtubule inner proteins (MIPs) in Chlamydomonas. These proteins are conserved among eukaryotes with motile cilia. Using cryo-electron tomography (cryo-ET) and high-speed atomic force microscopy (HS-AFM), we show that lack of these proteins leads to a loss of inner protrusions in B-tubules and less stable microtubules. These protrusions are located near the inner junctions of doublet microtubules and lack of both FAP52 and a known inner junction protein FAP20 results in detachment of the B-tubule from the A-tubule, as well as flagellar shortening. These results demonstrate that FAP45 and FAP52 bind to the inside of microtubules and stabilize ciliary axonemes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9767.map.gz | 7.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9767-v30.xml emd-9767.xml | 8.2 KB 8.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9767.png | 40 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9767 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9767 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9767_validation.pdf.gz | 79.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9767_full_validation.pdf.gz | 78.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9767_validation.xml.gz | 495 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9767 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9767 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9767.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | fap52_DMT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 7.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : axoneme of Chlamydomonas reinhardtii
全体 | 名称: axoneme of Chlamydomonas reinhardtii |
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要素 |
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-超分子 #1: axoneme of Chlamydomonas reinhardtii
超分子 | 名称: axoneme of Chlamydomonas reinhardtii / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 株: fap52 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 0.02 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 3100FFC |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 100.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: DIFFRACTION |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 40.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 2300 |
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抽出 | トモグラム数: 10 / 使用した粒子像数: 2500 |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |