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万見
- EMDB-9261: Electron cryotomogram of Bdellovibrio bacteriovorus acquired by c... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9261
タイトルElectron cryotomogram of Bdellovibrio bacteriovorus acquired by continuous tilting
マップデータTomographic reconstruction of Bdellovibrio bacteriovorus cell. Binned 4 times.
試料
  • 細胞: Bdellovibrio bacteriovorus
生物種Bdellovibrio bacteriovorus (ブデロビブリオ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Chreifi G / Chen S / Metskas LA / Kaplan M / Jensen GJ
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Rapid tilt-series acquisition for electron cryotomography.
著者: Georges Chreifi / Songye Chen / Lauren Ann Metskas / Mohammed Kaplan / Grant J Jensen /
要旨: Using a new Titan Krios stage equipped with a single-axis holder, we developed two methods to accelerate the collection of tilt-series. We demonstrate a continuous-tilting method that can record a ...Using a new Titan Krios stage equipped with a single-axis holder, we developed two methods to accelerate the collection of tilt-series. We demonstrate a continuous-tilting method that can record a tilt-series in seconds, but with loss of details finer than ∼4 nm. We also demonstrate a fast-incremental method that can record a tilt-series several-fold faster than current methods and with similar resolution. We characterize the utility of both methods in real biological electron cryotomography workflows. We identify opportunities for further improvements in hardware and software and speculate on the impact such advances could have on structural biology.
履歴
登録2018年10月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年11月21日-
マップ公開2019年1月30日-
更新2019年3月13日-
現状2019年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

emd_9261.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9261.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1019.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Tomographic reconstruction of Bdellovibrio bacteriovorus cell. Binned 4 times.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 17.28 Å
密度
最小 - 最大-0.2578049 - 0.1690594
平均 (標準偏差)0.037843894 (±0.008837259)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00-300
サイズ928960300
Spacing960928300
セルA: 16588.8 Å / B: 16035.841 Å / C: 5184.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z17.28000104166717.28000107758617.28
M x/y/z960928300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z16588.80116035.8415184.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS00-300
NC/NR/NS960928300
D min/max/mean-0.2580.1690.038

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bdellovibrio bacteriovorus

全体名称: Bdellovibrio bacteriovorus (ブデロビブリオ)
要素
  • 細胞: Bdellovibrio bacteriovorus

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超分子 #1: Bdellovibrio bacteriovorus

超分子名称: Bdellovibrio bacteriovorus / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Bdellovibrio bacteriovorus (ブデロビブリオ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 296 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Ted Pella / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 0.08 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / ソフトウェア - 名称: TOMO3D (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 1260

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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