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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9173 | |||||||||||||||
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タイトル | Electron cryo-tomography and subtomogram averaging of microtubule triplet from procentriole | |||||||||||||||
マップデータ | subtomogram average of the A-C linker (partial) associated with the C-tubule in procentriole from Chlamydomonas reinhardtii | |||||||||||||||
試料 |
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生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | |||||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.1 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Li S / Fernandez JJ / Marshall W / Agard DA | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, European Union, 4件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: Electron cryo-tomography provides insight into procentriole architecture and assembly mechanism. 著者: Sam Li / Jose-Jesus Fernandez / Wallace F Marshall / David A Agard / 要旨: Centriole is an essential structure with multiple functions in cellular processes. Centriole biogenesis and homeostasis is tightly regulated. Using electron cryo-tomography (cryoET) we present the ...Centriole is an essential structure with multiple functions in cellular processes. Centriole biogenesis and homeostasis is tightly regulated. Using electron cryo-tomography (cryoET) we present the structure of procentrioles from . We identified a set of non-tubulin components attached to the triplet microtubule (MT), many are at the junctions of tubules likely to reinforce the triplet. We describe structure of the A-C linker that bridges neighboring triplets. The structure infers that POC1 is likely an integral component of A-C linker. Its conserved WD40 β-propeller domain provides attachment sites for other A-C linker components. The twist of A-C linker results in an iris diaphragm-like motion of the triplets in the longitudinal direction of procentriole. Finally, we identified two assembly intermediates at the growing ends of procentriole allowing us to propose a model for the procentriole assembly. Our results provide a comprehensive structural framework for understanding the molecular mechanisms underpinning procentriole biogenesis and assembly. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9173.map.gz | 6.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9173-v30.xml emd-9173.xml | 9.3 KB 9.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9173.png | 73.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9173 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9173 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9173_validation.pdf.gz | 80.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9173_full_validation.pdf.gz | 79.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9173_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9173 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9173 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9173.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | subtomogram average of the A-C linker (partial) associated with the C-tubule in procentriole from Chlamydomonas reinhardtii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Centriole
全体 | 名称: Centriole |
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要素 |
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-超分子 #1: Centriole
超分子 | 名称: Centriole / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: isolated centriole and procentriole |
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由来(天然) | 生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 株: CC849 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4000 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4000 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-5 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 0.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 3245 |
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抽出 | トモグラム数: 193 / 使用した粒子像数: 12937 |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
結晶パラメータ | 単位格子 - A: 578.4 Å / 単位格子 - B: 578.4 Å / 単位格子 - C: 578.4 Å / 単位格子 - γ: 90 ° / 単位格子 - α: 90 ° / 単位格子 - β: 90 ° / 空間群: C1 |