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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9146 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of lipid droplet formation protein Seipin/BSCL2 | |||||||||||||||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of lipid droplet formation protein Seipin/BSCL2 | |||||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of axon extension involved in regeneration / diacylglycerol metabolic process / regulation of triglyceride metabolic process / lipid droplet formation / phosphatidic acid metabolic process / : / regulation of lipid storage / regulation of lipid biosynthetic process / positive regulation of lipid storage / lipid storage ...positive regulation of axon extension involved in regeneration / diacylglycerol metabolic process / regulation of triglyceride metabolic process / lipid droplet formation / phosphatidic acid metabolic process / : / regulation of lipid storage / regulation of lipid biosynthetic process / positive regulation of lipid storage / lipid storage / lipid droplet organization / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / lipid biosynthetic process / fatty acid beta-oxidation / response to starvation / lipid droplet / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Sui X / Arlt H / Liao M / Walther CT / Farese VR | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, ドイツ, 6件
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引用 | ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2018 タイトル: Cryo-electron microscopy structure of the lipid droplet-formation protein seipin. 著者: Xuewu Sui / Henning Arlt / Kelly P Brock / Zon Weng Lai / Frank DiMaio / Debora S Marks / Maofu Liao / Robert V Farese / Tobias C Walther / 要旨: Metabolic energy is stored in cells primarily as triacylglycerols in lipid droplets (LDs), and LD dysregulation leads to metabolic diseases. The formation of monolayer-bound LDs from the endoplasmic ...Metabolic energy is stored in cells primarily as triacylglycerols in lipid droplets (LDs), and LD dysregulation leads to metabolic diseases. The formation of monolayer-bound LDs from the endoplasmic reticulum (ER) bilayer is poorly understood, but the ER protein seipin is essential to this process. In this study, we report a cryo-electron microscopy structure and functional characterization of seipin. The structure reveals a ring-shaped dodecamer with the luminal domain of each monomer resolved at ∼4.0 Å. Each luminal domain monomer exhibits two distinctive features: a hydrophobic helix (HH) positioned toward the ER bilayer and a β-sandwich domain with structural similarity to lipid-binding proteins. This structure and our functional testing in cells suggest a model in which seipin oligomers initially detect forming LDs in the ER via HHs and subsequently act as membrane anchors to enable lipid transfer and LD growth. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9146.map.gz | 59 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9146-v30.xml emd-9146.xml | 13.8 KB 13.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_9146_fsc.xml | 8.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_9146.png | 101.7 KB | ||
その他 | emd_9146_additional.map.gz | 45 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9146 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9146 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9146.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of lipid droplet formation protein Seipin/BSCL2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.31 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Cryo-EM structure of lipid droplet formation protein Seipin/BSCL2
ファイル | emd_9146_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of lipid droplet formation protein Seipin/BSCL2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : cryo-EM protein structure of seipin/BSCL2
全体 | 名称: cryo-EM protein structure of seipin/BSCL2低温電子顕微鏡法 |
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要素 |
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-超分子 #1: cryo-EM protein structure of seipin/BSCL2
超分子 | 名称: cryo-EM protein structure of seipin/BSCL2 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 43 kDa/nm |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET28a |
-分子 #1: Seipin
分子 | 名称: Seipin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 43.95707 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGNILLRLIV FALDPLGLGR RFLIRPAVNL GWNVYDRVRS KADEKVGTVR ELVLRLGLIA FAVVLIIWLA VFMYAAFYYV YMPAISHTR PVHMQFKTCL ETSTPCTFPH AHVSLTKKQQ LLMVGQAYKV IVNIDMPESP QNLELGMFMV CAEMRDYDSM L RGHSCRSA ...文字列: MGNILLRLIV FALDPLGLGR RFLIRPAVNL GWNVYDRVRS KADEKVGTVR ELVLRLGLIA FAVVLIIWLA VFMYAAFYYV YMPAISHTR PVHMQFKTCL ETSTPCTFPH AHVSLTKKQQ LLMVGQAYKV IVNIDMPESP QNLELGMFMV CAEMRDYDSM L RGHSCRSA MMRYRSPLIR MISTWVLSPL YVLGWKEEFQ QVPVEIFSRY LEERQHPITD VYVEIQSQKI QFYTVTLHIV AD FTGLRYI MFNWPVLSAI VAISTNLFFI LVVFLLSWYH WSDAKWLHSV QIKYARLTKS LEPGVIHSKA SSLRDDDDDL VAY SDKSDI ADVGGDTLSD VDADDLVLVK KSRSGKRESP DALRKRPTKK TTADHAAALE HHHHHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 |
詳細 | Protein sample was monodisperse. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 58.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |