English [日本語]
- EMDB-9071: Single-Molecule 3D Image of Human Plasma Intermediate-Density Lip... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

データがありません

-
基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 9071
タイトルSingle-Molecule 3D Image of Human Plasma Intermediate-Density Lipoprotein (No. 03)
マップデータprimary map
試料Human plasma intermediate-density lipoprotein:
由来Homo sapiens (ヒト)
実験手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 82.7Å分解能
データ登録者Lei D / Yu Y / Kuang Y / Krauss R / Ren G
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Mol Cell Biol Lipids / : 2019
タイトル: Single-molecule 3D imaging of human plasma intermediate-density lipoproteins reveals a polyhedral structure.
著者: Dongsheng Lei / Yadong Yu / Yu-Lin Kuang / Jianfang Liu / Ronald M Krauss / Gang Ren
要旨: Intermediate-density lipoproteins (IDLs), the remnants of very-low-density lipoproteins via lipolysis, are rich in cholesteryl ester and are associated with cardiovascular disease. Despite ...Intermediate-density lipoproteins (IDLs), the remnants of very-low-density lipoproteins via lipolysis, are rich in cholesteryl ester and are associated with cardiovascular disease. Despite pharmacological interest in IDLs, their three-dimensional (3D) structure is still undetermined due to their variation in size, composition, and dynamic structure. To explore the 3D structure of IDLs, we reconstructed 3D density maps from individual IDL particles using cryo-electron microscopy (cryo-EM) and individual-particle electron tomography (IPET, without averaging from different molecules). 3D reconstructions of IDLs revealed an unexpected polyhedral structure that deviates from the generally assumed spherical shape model (Frias et al., 2007; Olson, 1998; Shen et al., 1977). The polyhedral-shaped IDL contains a high-density shell formed by flat surfaces that are similar to those of very-low-density lipoproteins but have sharper dihedral angles between nearby surfaces. These flat surfaces would be less hydrophobic than the curved surface of mature spherical high-density lipoprotein (HDL), leading to a lower binding affinity of IDL to hydrophobic proteins (such as cholesteryl ester transfer protein) than HDL. This is the first visualization of the IDL 3D structure, which could provide fundamental clues for delineating the role of IDL in lipid metabolism and cardiovascular disease.
日付登録: 2018年9月3日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2018年10月31日 / マップ公開: 2019年1月16日 / 最新の更新: 2019年1月16日

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.008
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.008
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

-
マップデータ

ファイルemd_9071.map.gz (map file in CCP4 format, 28312 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
192 pix
2.4 Å/pix.
= 460.8 Å
192 pix
2.4 Å/pix.
= 460.8 Å
192 pix
2.4 Å/pix.
= 460.8 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.4 Å
密度
表面のレベル:0.008 (ムービー #1)
最小 - 最大-0.0018495909 - 0.016615853
平均 (標準偏差)0.0010565115 (0.0029151184)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions192192192
Origin-96.0-96.0-96.0
Limit95.095.095.0
Spacing192192192
セルA=B=C: 460.80002 Å
α=β=γ: 90.0 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.42.42.4
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z460.800460.800460.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ
NX/NY/NZ
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-96-96-96
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.0020.0170.001

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 Human plasma intermediate-density lipoprotein

全体名称: Human plasma intermediate-density lipoprotein / 構成要素数: 1

-
構成要素 #1: 細胞要素, Human plasma intermediate-density lipoprotein

細胞要素名称: Human plasma intermediate-density lipoprotein / 組換発現: No
分子量実験値: 3 MDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(天然)臓器・器官・組織: Blood

-
実験情報

-
試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 実験手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液試料濃度: 2 mg/ml / 緩衝液: Dulbecco's phosphate buffered saline (DPBS) / pH: 7
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 %

-
電子顕微鏡撮影

撮影顕微鏡: ZEISS LIBRA120PLUS
電子銃電子線源: LAB6 / 加速電圧: 120 kV / 照射量: 1.4 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 50000.0 X (公称値) / Cs: 2.2 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / エネルギーフィルター: In-column Omega Filter
試料ホルダモデル: OTHER
カメラディテクター: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)

-
画像解析

解析実験手法: 電子線トモグラフィー法 / セクションの数: 35
詳細: X-ray speckles in images were removed before CTF correction.
3次元再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 分解能: 82.7 Å / 分解能の算定法: FSC 0.5 CUT-OFF
詳細: The 3D reconstruction was performed by using individual-particle electron tomography (IPET). The obtained 3D map was low-pass filtered to 8 nm.
FSC曲線
(分解能の算定)

+
万見について

-
お知らせ

-
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

-
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

+
2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

+
2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

+
2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る