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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9061 | |||||||||
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タイトル | HA-GCN4pL-sfGFP map in negative stain EM | |||||||||
マップデータ | HA-GCN4pL-sfGFP from negative stain EM | |||||||||
試料 |
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生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Ward AB / Turner HL | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2019 タイトル: Fluorescent Trimeric Hemagglutinins Reveal Multivalent Receptor Binding Properties. 著者: Nikoloz Nemanichvili / Ilhan Tomris / Hannah L Turner / Ryan McBride / Oliver C Grant / Roosmarijn van der Woude / Mohammed H Aldosari / Roland J Pieters / Robert J Woods / James C Paulson / ...著者: Nikoloz Nemanichvili / Ilhan Tomris / Hannah L Turner / Ryan McBride / Oliver C Grant / Roosmarijn van der Woude / Mohammed H Aldosari / Roland J Pieters / Robert J Woods / James C Paulson / Geert-Jan Boons / Andrew B Ward / Monique H Verheije / Robert P de Vries / 要旨: Influenza A virus carries hundreds of trimeric hemagglutinin (HA) proteins on its viral envelope that interact with various sialylated glycans on a host cell. This interaction represents a ...Influenza A virus carries hundreds of trimeric hemagglutinin (HA) proteins on its viral envelope that interact with various sialylated glycans on a host cell. This interaction represents a multivalent binding event that is present in all the current receptor binding assays, including those employing viruses or precomplexed HA trimers. To study the nature of such multivalent binding events, we fused a superfolder green fluorescent protein (sfGFP) to the C-terminus of trimeric HA to allow for direct visualization of HA-receptor interactions without the need for additional fluorescent antibodies. The multivalent binding of the HA-sfGFP proteins was studied using glycan arrays and tissue staining. The HA-sfGFP with human-type receptor specificity was able to bind to a glycan array as the free trimer. In contrast, the HA-sfGFP with avian-type receptor specificity required multimerization by antibodies before binding to glycans on the glycan array could be observed. Interestingly, multimerization was not required for binding to tissues. The array data may be explained by the possible bivalent binding mode of a single human-specific HA trimer to complex branched N-glycans, which is not possible for the avian-specific HA due to geometrical constrains of the binding sites. The fact that this specificity pattern changes upon interaction with a cell surface probably represents the enhanced amount of glycan orientations and variable densities versus those on the glycan array. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9061.map.gz | 22.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9061-v30.xml emd-9061.xml | 9 KB 9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9061.png | 30.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9061 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9061 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9061_validation.pdf.gz | 78.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9061_full_validation.pdf.gz | 77.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9061_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9061 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9061 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9061.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | HA-GCN4pL-sfGFP from negative stain EM | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : 3D map of HA-GCN4pL-sfGFP from negative stain EM
全体 | 名称: 3D map of HA-GCN4pL-sfGFP from negative stain EM |
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要素 |
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-超分子 #1: 3D map of HA-GCN4pL-sfGFP from negative stain EM
超分子 | 名称: 3D map of HA-GCN4pL-sfGFP from negative stain EM / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate |
グリッド | 詳細: unspecified |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI SPIRIT |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 15.6 µm / 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最小 デフォーカス(公称値): -1.5 µm |
実験機器 | モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |