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- EMDB-8715: Cryo-EM reconstruction of B41 SOSIP.664 in complex with soluble C... -

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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 8715
タイトルCryo-EM reconstruction of B41 SOSIP.664 in complex with soluble CD4 (D1-D2)
マップデータHIV-1 Env B41 SOSIP.664 in complex with soluble CD4 (2-domain)
試料HIV-1 Env B41 SOSIP.664 in complex with soluble CD4 (2-domain):
HIV-1 Env B41 SOSIP.664 / CD4 (2-domain) / (HIV-1 Env B41 SOSIP.664 ...) x 2 / Soluble CD4 (2-domain)
機能・相同性Retroviral envelope protein GP41-like / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein Gp160 / Envelope glycoprotein GP120 / Retroviral envelope protein / membrane fusion involved in viral entry into host cell / host cell endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell ...Retroviral envelope protein GP41-like / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein Gp160 / Envelope glycoprotein GP120 / Retroviral envelope protein / membrane fusion involved in viral entry into host cell / host cell endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / integral component of membrane / Envelope glycoprotein gp160 / Envelope glycoprotein gp160
機能・相同性情報
由来Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
実験手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 5.2Å分解能
データ登録者Pallesen J / Ozorowski G / de Val N / Ward AB
引用ジャーナル: Nature / : 2017
タイトル: Open and closed structures reveal allostery and pliability in the HIV-1 envelope spike.
著者: Gabriel Ozorowski / Jesper Pallesen / Natalia de Val / Dmitry Lyumkis / Christopher A Cottrell / Jonathan L Torres / Jeffrey Copps / Robyn L Stanfield / Albert Cupo / Pavel Pugach / John P Moore / Ian A Wilson / Andrew B Ward
日付登録: 2017年4月28日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2017年6月14日 / マップ公開: 2017年7月26日 / 最新の更新: 2018年2月14日

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_8715.map.gz (map file in CCP4 format, 67109 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
256 pix
1.21 Å/pix.
= 309.76 Å
256 pix
1.21 Å/pix.
= 309.76 Å
256 pix
1.21 Å/pix.
= 309.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.21 Å
密度
表面のレベル:0.05 (by author), 0.05 (ムービー #1)
最小 - 最大-0.03765318 - 0.16243076
平均 (標準偏差)0.0006033636 (0.007123429)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions256256256
Origin000
Limit255255255
Spacing256256256
セルA=B=C: 309.76 Å
α=β=γ: 90 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.211.211.21
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z309.760309.760309.760
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ281156
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0380.1620.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 HIV-1 Env B41 SOSIP.664 in complex with soluble CD4 (2-domain)

全体名称: HIV-1 Env B41 SOSIP.664 in complex with soluble CD4 (2-domain)
構成要素数: 6
分子量理論値: 480 kDa

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構成要素 #1: タンパク質, HIV-1 Env B41 SOSIP.664 in complex with soluble CD4 (2-domain)

タンパク質名称: HIV-1 Env B41 SOSIP.664 in complex with soluble CD4 (2-domain)
組換発現: No
分子量理論値: 480 kDa

+
構成要素 #2: タンパク質, HIV-1 Env B41 SOSIP.664

タンパク質名称: HIV-1 Env B41 SOSIP.664 / 組換発現: No
由来生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト) / 発現系の細胞: HEK293F

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構成要素 #3: タンパク質, CD4 (2-domain)

タンパク質名称: CD4 (2-domain) / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト) / 発現系の細胞: HEK293F

+
構成要素 #4: タンパク質, HIV-1 Env B41 SOSIP.664 gp41

タンパク質名称: HIV-1 Env B41 SOSIP.664 gp41 / 組換発現: No
由来(合成)発現系: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
: 9032-08.A1.4685

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構成要素 #5: タンパク質, HIV-1 Env B41 SOSIP.664 gp120

タンパク質名称: HIV-1 Env B41 SOSIP.664 gp120 / 組換発現: No
由来(合成)発現系: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
: 9032-08.A1.4685

+
構成要素 #6: タンパク質, Soluble CD4 (2-domain)

タンパク質名称: Soluble CD4 (2-domain) / 組換発現: No
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 実験手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液試料濃度: 4 mg/ml
緩衝液: DDM was added to a final concentration of 0.06 mM prior to vitrification
pH: 7.4
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 温度: 277 K
詳細: 3 uL of sample applied to a holey carbon grid on glow discharged face and blotted manually on sample side until filter paper detached from grid, followed by immediate plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射量: 65 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 36000 X (公称値), 43478 X (実測値) / Cs: 2.7 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: 800 - 2500 nm
試料ホルダモデル: OTHER
カメラディテクター: GATAN K2 (4k x 4k)

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画像取得

画像取得デジタル画像の数: 1540 / サンプリングサイズ: 0.000115 microns

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画像解析

解析実験手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C3 (3回回転対称) / 投影像の数: 46567
3次元再構成ソフトウェア: RELION / 分解能: 5.2 Å / 分解能の算定法: FSC 0.143 CUT-OFF
FSC曲線
(分解能の算定)

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万見について

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お知らせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました

Omokage検索が速くなりました

  • データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。
  • これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!

関連情報: Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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