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- EMDB-8652: Cryo-EM structure of the human ether-a-go-go related K+ channel -

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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 8652
タイトルCryo-EM structure of the human ether-a-go-go related K+ channel
試料human ether-a-go-go related K+ channel hERG
由来Homo sapiens / ヒト
マップデータhuman ether-a-go-go related K+ channel
手法単粒子再構成法, 4Å分解能
データ登録者Wang WW / MacKinnon R
引用Cell, 2017, 169, 422-430.e10

Cell, 2017, 169, 422-430.e10 万見文献
Cryo-EM Structure of the Open Human Ether-à-go-go-Related K(+) Channel hERG.
Weiwei Wang / Roderick MacKinnon

構造検証レポートPDB-ID: 5va3

簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2017年3月24日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2017年5月3日 / マップ公開: 2017年5月3日 / 最新の更新: 2017年9月13日

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF CHIMERAによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF CHIMERAによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: : PDB-5va3
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF CHIMERAによる作画
  • ダウンロード
3D viewer


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中心
拡大
スケール
断面手前 <=> 奥

固定: /
方向
方向 Rotation
その他 /
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添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_8652.map.gz (map file in CCP4 format, 67109 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Y (Sec.)X (Row.)Z (Col.)
256 pix
0.57 Å/pix.
= 144.801 Å
256 pix
0.57 Å/pix.
= 144.801 Å
256 pix
0.46 Å/pix.
= 118.899 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spiderにより作成

(これらの図は立方格子座標系で作成されたものです)

ボクセルのサイズX: 0.56563 Å / Y: 0.56563 Å / Z: 0.46445 Å
密度
表面のレベル:1.5 (by author), 1.5 (ムービー #1)
最小 - 最大-2.0461385 - 6.3207603
平均 (標準偏差)0.4593979 (0.7881963)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderZXY
Dimensions256256256
Origin000
Limit255255255
Spacing256256256
セルA: 144.80128 Å / B: 144.80128 Å / C: 118.8992 Å
α=β=γ: 90 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.565628906250.565628906250.46444921875
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z144.801144.801118.899
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S312
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-2.0466.3210.459

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 human ether-a-go-go related K+ channel hERG

全体名称: human ether-a-go-go related K+ channel hERG
詳細: Truncated hERG construct hERGTs (amino acid residues 141-380 and 871-1005 deleted) with S631A mutation
構成要素数: 2

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構成要素 #1: 細胞要素, human ether-a-go-go related K+ channel hERG

細胞要素名称: human ether-a-go-go related K+ channel hERG
詳細: Truncated hERG construct hERGTs (amino acid residues 141-380 and 871-1005 deleted) with S631A mutation
組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens / ヒト
由来(合成)発現系: Homo sapiens / ヒト / ベクター: BacMam / 発現系の細胞: HEK293S GnTI-

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構成要素 #2: タンパク質, Potassium voltage-gated channel subfamily H member 2

タンパク質名称: Potassium voltage-gated channel subfamily H member 2
組換発現: No
分子量理論値: 88.885664 kDa
由来(合成)発現系: Homo sapiens / ヒト / ベクター: BacMam

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実験情報

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試料調製

試料の状態粒子
試料溶液試料濃度: 6 mg/ml / 緩衝液: pH 7.4, adjusted with NaOH / pH: 7.4
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 温度: 298 K / 湿度: 98 % / 詳細: one blot: 3 second blot time, 0 blot force

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 85 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 38461 X (実測値) / Cs: 2.7 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: 800 - 3500 nm
試料ホルダモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
カメラディテクター: GATAN K2 (4k x 4k)

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画像取得

画像取得デジタル画像の数: 1505
詳細: 50 0.3-second frames were collected for each movie at a dose rate of ~1.8 e-/A2/frame

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C4 (4回回転対称) / 投影像の数: 206
3次元再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / ソフトウェア: FREALIGN / 分解能: 4 Å / 分解能の算定法: FSC 0.143 CUT-OFF

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原子モデル構築

得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2017年10月4日: この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

  • Jacques Dubochet (University of Lausanne, Switzerland)は、電子顕微鏡試料の氷包埋法(いわゆるクライオ電顕法)を開発しました。EMDBやPDBにある電子顕微鏡のエントリの大多数がこの方法を利用しています。
  • Joachim Frank (Columbia University, New York, USA)は、単粒子解析法を開拓しました。EMDBとPDBの電子顕微鏡エントリの大多数がこの解析法によるものです。また、広く利用されている画像解析ソフトェア「Spider」の開発者でもあります。EM Navigatorでもマップデータの画像作成などにSpiderを利用しています。
  • Richard Henderson (MRC Laboratory of Molecular Biology, Cambridge, UK)は電子顕微鏡による生体分子の立体構造解析の始祖です。電子顕微鏡による最初のPDBエントリであるPDB-1brdは、彼によるものです。

外部リンク: The 2017 Nobel Prize in Chemistry - Press Release

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • 旧バージョンのすべての機能をこちらに移植する予定です
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: 万見 (旧版) / EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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