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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8487 | |||||||||||||||
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タイトル | Bacteriophage N3 | |||||||||||||||
マップデータ | Bacteriophage N3 | |||||||||||||||
試料 |
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生物種 | bacteriophage N3 (ファージ) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.0 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Hua J / Huet A / Lopez CA / Toropova K / Pope WH / Duda RL / Hendrix RW / Conway JF | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: mBio / 年: 2017 タイトル: Capsids and Genomes of Jumbo-Sized Bacteriophages Reveal the Evolutionary Reach of the HK97 Fold. 著者: Jianfei Hua / Alexis Huet / Carlos A Lopez / Katerina Toropova / Welkin H Pope / Robert L Duda / Roger W Hendrix / James F Conway / 要旨: Large icosahedral viruses that infect bacteria represent an extreme of the coevolution of capsids and the genomes they accommodate. One subset of these large viruses is the jumbophages, tailed phages ...Large icosahedral viruses that infect bacteria represent an extreme of the coevolution of capsids and the genomes they accommodate. One subset of these large viruses is the jumbophages, tailed phages with double-stranded DNA genomes of at least 200,000 bp. We explored the mechanism leading to increased capsid and genome sizes by characterizing structures of several jumbophage capsids and the DNA packaged within them. Capsid structures determined for six jumbophages were consistent with the canonical phage HK97 fold, and three had capsid geometries with novel triangulation numbers (T=25, T=28, and T=52). Packaged DNA (chromosome) sizes were larger than the genome sizes, indicating that all jumbophages use a head-full DNA packaging mechanism. For two phages (PAU and G), the sizes appeared very much larger than their genome length. We used two-dimensional DNA gel electrophoresis to show that these two DNAs migrated abnormally due to base modifications and to allow us to calculate their actual chromosome sizes. Our results support a ratchet model of capsid and genome coevolution whereby mutations lead to increased capsid volume and allow the acquisition of additional genes. Once the added genes and larger capsid are established, mutations that restore the smaller size are disfavored. A large family of viruses share the same fold of the capsid protein as bacteriophage HK97, a virus that infects bacteria. Members of this family use different numbers of the capsid protein to build capsids of different sizes. Here, we examined the structures of extremely large capsids and measured their DNA content relative to the sequenced genome lengths, aiming to understand the process that increases size. We concluded that mutational changes leading to larger capsids become locked in by subsequent changes to the genome organization. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8487.map.gz | 195.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8487-v30.xml emd-8487.xml | 13.4 KB 13.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_8487_fsc.xml | 9.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_8487.png | 255.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8487 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8487 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8487_validation.pdf.gz | 77.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8487_full_validation.pdf.gz | 77 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8487_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8487 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8487 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8487.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 479.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Bacteriophage N3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.74 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : bacteriophage N3
全体 | 名称: bacteriophage N3 (ファージ) |
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要素 |
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-超分子 #1: bacteriophage N3
超分子 | 名称: bacteriophage N3 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 115992 / 生物種: bacteriophage N3 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Sinorhizobium meliloti (根粒菌) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 1070.0 Å / T番号(三角分割数): 19 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.9 構成要素:
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グリッド | 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-9 / 実像数: 1352 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 78000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 910 MULTI-SPECIMEN SINGLE TILT CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
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