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万見
- EMDB-8140: 3.87 Angstrom structure of the nucleosome core particle obtained ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8140
タイトル3.87 Angstrom structure of the nucleosome core particle obtained by phase-plate cryo-EM
マップデータNone
試料
  • 複合体: Nucleosome core particle with 145 base pairs of the Widom 601 sequence.
    • 複合体: Widom 601 DNA, 145 base pairs
      • DNA: Widom 601 DNA, 145 base pairs
    • 複合体: Histone octamer
      • タンパク質・ペプチド: Histone 2A
      • タンパク質・ペプチド: Histone 2B
      • タンパク質・ペプチド: Histone 3ヒストンH3
      • タンパク質・ペプチド: Histone 4ヒストン
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.87 Å
データ登録者Chua EYD / Vogirala VK / Inian O / Wong ASW / Plitzko JM / Danev R / Sandin S
資金援助 シンガポール, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education シンガポール
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2016
タイトル: 3.9 Å structure of the nucleosome core particle determined by phase-plate cryo-EM.
著者: Eugene Y D Chua / Vinod K Vogirala / Oviya Inian / Andrew S W Wong / Lars Nordenskiöld / Juergen M Plitzko / Radostin Danev / Sara Sandin /
要旨: The Volta phase plate is a recently developed electron cryo-microscopy (cryo-EM) device that enables contrast enhancement of biological samples. Here we have evaluated the potential of combining ...The Volta phase plate is a recently developed electron cryo-microscopy (cryo-EM) device that enables contrast enhancement of biological samples. Here we have evaluated the potential of combining phase-plate imaging and single particle analysis to determine the structure of a small protein-DNA complex. To test the method, we made use of a 200 kDa Nucleosome Core Particle (NCP) reconstituted with 601 DNA for which a high-resolution X-ray crystal structure is known. We find that the phase plate provides a significant contrast enhancement that permits individual NCPs and DNA to be clearly identified in amorphous ice. The refined structure from 26,060 particles has an overall resolution of 3.9 Å and the density map exhibits structural features consistent with the estimated resolution, including clear density for amino acid side chains and DNA features such as the phosphate backbone. Our results demonstrate that phase-plate cryo-EM promises to become an important method to determine novel near-atomic resolution structures of small and challenging samples, such as nucleosomes in complex with nucleosome-binding factors.
履歴
登録2016年3月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年6月8日-
マップ公開2016年9月7日-
更新2020年11月18日-
現状2020年11月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.027
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.027
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8140.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8140.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.38 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.027 / ムービー #1: 0.027
最小 - 最大-0.056169275 - 0.11585718
平均 (標準偏差)0.00018258722 (±0.0066085593)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 220.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.381.381.38
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z220.800220.800220.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.0560.1160.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Nucleosome core particle with 145 base pairs of the Widom 601 seq...

全体名称: Nucleosome core particle with 145 base pairs of the Widom 601 sequence.
要素
  • 複合体: Nucleosome core particle with 145 base pairs of the Widom 601 sequence.
    • 複合体: Widom 601 DNA, 145 base pairs
      • DNA: Widom 601 DNA, 145 base pairs
    • 複合体: Histone octamer
      • タンパク質・ペプチド: Histone 2A
      • タンパク質・ペプチド: Histone 2B
      • タンパク質・ペプチド: Histone 3ヒストンH3
      • タンパク質・ペプチド: Histone 4ヒストン

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超分子 #1: Nucleosome core particle with 145 base pairs of the Widom 601 seq...

超分子名称: Nucleosome core particle with 145 base pairs of the Widom 601 sequence.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量実験値: 200 KDa

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超分子 #2: Widom 601 DNA, 145 base pairs

超分子名称: Widom 601 DNA, 145 base pairs / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量実験値: 90 KDa

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超分子 #3: Histone octamer

超分子名称: Histone octamer / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#5
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pUC57
分子量実験値: 110 KDa

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分子 #1: Widom 601 DNA, 145 base pairs

分子名称: Widom 601 DNA, 145 base pairs / タイプ: dna / ID: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
ATCAGAATCC CGGTGCCGAG GCCGCTCAAT TGGTCGTAGA CAGCTCTAGC ACCGCTTAAA CGCACGTACG CGCTGTCCCC CGCGTTTTAA CCGCCAAGGG GATTACTCCC TAGTCTCCAG GCACGTGTCA GATATATACA TCGAT

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分子 #2: Histone 2A

分子名称: Histone 2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKQGGKT RAKAKTRSSR AGLQFPVGRV HRLLRKGNYA ERVGAGAPVY LAAVLEYLTA EILELAGNAA RDNKKTRIIP RHLQLAVRND EELNKLLGRV TIAQGGVLPN IQSVLLPKKT ESSKSKSK

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分子 #3: Histone 2B

分子名称: Histone 2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
PEPAKSAPAP KKGSKKAVTK TQKKDGKKRR KTRKESYAIY VYKVLKQVHP DTGISSKAMS IMNSFVNDVF ERIAGEASRL AHYNKRSTIT SREIQTAVRL LLPGELAKHA VSEGTKAVTK YTSAK

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分子 #4: Histone 3

分子名称: Histone 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
ARTKQTARKS TGGKAPRKQL ATKAARKSAP ATGGVKKPHR YRPGTVALRE IRRYQKSTEL LIRKLPFQRL VREIAQDFKT DLRFQSSAVM ALQEASEAYL VALFEDTNLC AIHAKRVTIM PKDIQLARRI RGERA

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分子 #5: Histone 4

分子名称: Histone 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKGGKGL GKGGAKRHRK VLRDNIQGIT KPAIRRLARR GGVKRISGLI YEETRGVLKV FLENVIRDAV TYTEHAKRKT VTAMDVVYAL KRQGRTLYGF GG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
1.0 mMC10H16N2O8EDTAエチレンジアミン四酢酸
1.0 mMC4H10O2S2DTT
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 or R1/4 / 材質: COPPER/RHODIUM / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: 3-4 seconds blotting time.
詳細This sample was monodispersed

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-20 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 31.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 38409
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3lz0


詳細: Initial model was made from 3LZ0 and low pass filtered to 80 Angstroms.
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 7000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 詳細: RELION 1.4 was used for the final reconstruction. / 使用した粒子像数: 26060
詳細The recorded micrographs were clipped to remove dust and the movie frames were motion-corrected.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3lz0

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 78.96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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