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万見
- EMDB-8076: The structure of microsomal glutathione transferase 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8076
タイトルThe structure of microsomal glutathione transferase 1
マップデータNone
試料
  • 複合体: Complex between microsomal glutathione transferase 1 and glutathione
    • タンパク質・ペプチド: Microsomal glutathione S-transferase 1
  • リガンド: GLUTATHIONEグルタチオン
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: PALMITIC ACIDパルミチン酸
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to lipid hydroperoxide / Aflatoxin activation and detoxification / glutathione transport / 薬物代謝 / glutathione binding / Leydig cell differentiation / glutathione peroxidase activity / peroxisomal membrane / Neutrophil degranulation / グルタチオン-S-トランスフェラーゼ ...cellular response to lipid hydroperoxide / Aflatoxin activation and detoxification / glutathione transport / 薬物代謝 / glutathione binding / Leydig cell differentiation / glutathione peroxidase activity / peroxisomal membrane / Neutrophil degranulation / グルタチオン-S-トランスフェラーゼ / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / response to organonitrogen compound / apical part of cell / mitochondrial outer membrane / response to lipopolysaccharide / response to xenobiotic stimulus / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / ミトコンドリア / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Microsomal glutathione S-transferase 1-like / Membrane-associated, eicosanoid/glutathione metabolism (MAPEG) protein / Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain superfamily / MAPEG family
類似検索 - ドメイン・相同性
Microsomal glutathione S-transferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Kuang Q / Purhonen P / Jegerschold C / Morgenstern R / Hebert H
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Dead-end complex, lipid interactions and catalytic mechanism of microsomal glutathione transferase 1, an electron crystallography and mutagenesis investigation.
著者: Qie Kuang / Pasi Purhonen / Johan Ålander / Richard Svensson / Veronika Hoogland / Jens Winerdal / Linda Spahiu / Astrid Ottosson-Wadlund / Caroline Jegerschöld / Ralf Morgenstern / Hans Hebert /
要旨: Microsomal glutathione transferase 1 (MGST1) is a detoxification enzyme belonging to the Membrane Associated Proteins in Eicosanoid and Glutathione Metabolism (MAPEG) superfamily. Here we have used ...Microsomal glutathione transferase 1 (MGST1) is a detoxification enzyme belonging to the Membrane Associated Proteins in Eicosanoid and Glutathione Metabolism (MAPEG) superfamily. Here we have used electron crystallography of two-dimensional crystals in order to determine an atomic model of rat MGST1 in a lipid environment. The model comprises 123 of the 155 amino acid residues, two structured phospholipid molecules, two aliphatic chains and one glutathione (GSH) molecule. The functional unit is a homotrimer centered on the crystallographic three-fold axes of the unit cell. The GSH substrate binds in an extended conformation at the interface between two subunits of the trimer supported by new in vitro mutagenesis data. Mutation of Arginine 130 to alanine resulted in complete loss of activity consistent with a role for Arginine 130 in stabilizing the strongly nucleophilic GSH thiolate required for catalysis. Based on the new model and an electron diffraction data set from crystals soaked with trinitrobenzene, that forms a dead-end Meisenheimer complex with GSH, a difference map was calculated. The map reveals side chain movements opening a cavity that defines the second substrate site.
履歴
登録2016年2月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年10月19日-
マップ公開2017年7月12日-
更新2018年3月28日-
現状2018年3月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.329
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.329
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-5i9k
  • 表面レベル: 0.329
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5i9k
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8076.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8076.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
ボクセルのサイズX: 1.1361 Å / Y: 1.1361 Å / Z: 1.1905 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.329 / ムービー #1: 0.329
最小 - 最大-0.97920316 - 1.1698818
平均 (標準偏差)-0.000000001831728 (±0.1669621)
対称性空間群: 168
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin00-41
サイズ727284
Spacing727284
セルA: 81.7992 Å / B: 81.7992 Å / C: 100.002 Å
α: 90.0 ° / β: 90.0 ° / γ: 120.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.13609722222221.13609722222221.1905
M x/y/z727284
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z81.79981.799100.002
α/β/γ90.00090.000120.000
start NX/NY/NZ00-41
NX/NY/NZ727284
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS00-41
NC/NR/NS727284
D min/max/mean-0.9791.170-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex between microsomal glutathione transferase 1 and glutathione

全体名称: Complex between microsomal glutathione transferase 1 and glutathione
要素
  • 複合体: Complex between microsomal glutathione transferase 1 and glutathione
    • タンパク質・ペプチド: Microsomal glutathione S-transferase 1
  • リガンド: GLUTATHIONEグルタチオン
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: PALMITIC ACIDパルミチン酸

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超分子 #1: Complex between microsomal glutathione transferase 1 and glutathione

超分子名称: Complex between microsomal glutathione transferase 1 and glutathione
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pSP19T7LT
分子量理論値: 52940 MDa

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分子 #1: Microsomal glutathione S-transferase 1

分子名称: Microsomal glutathione S-transferase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: グルタチオン-S-トランスフェラーゼ
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 17.492488 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MADLKQLMDN EVLMAFTSYA TIILAKMMFL SSATAFQRLT NKVFANPEDC AGFGKGENAK KFLRTDEKVE RVRRAHLNDL ENIVPFLGI GLLYSLSGPD LSTALIHFRI FVGARIYHTI AYLTPLPQPN RGLAFFVGYG VTLSMAYRLL RSRLYL

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分子 #2: GLUTATHIONE

分子名称: GLUTATHIONE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: GSH
分子量理論値: 307.323 Da
Chemical component information

ChemComp-GSH:
GLUTATHIONE / グルタチオン / グルタチオン

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分子 #3: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM / ホスファチジルコリン

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分子 #4: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸 / パルミチン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態2D array

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
糖包埋材質: trehalose
凍結凍結剤: NITROGEN
結晶化脂質・タンパク質比: 3 / 脂質混合液: bovine liver lecithin / 温度: 293.0 K / 時間: 7.0 DAY / 詳細: Dialysis of protein solubulized in Triton X-100

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100F
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION回折 / カメラ長: 200 mm
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
回折像の数: 225 / 平均電子線量: 1.0 e/Å2

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画像解析

結晶パラメータ単位格子 - A: 81.8 Å / 単位格子 - B: 81.8 Å / 単位格子 - C: 100.0 Å / 単位格子 - γ: 120.0 ° / 面群: P 6
Crystallography statisticsNumber intensities measured: 97987 / Number structure factors: 6314 / Fourier space coverage: 82.5 / R sym: 0.126 / R merge: 0.396 / Overall phase error: 1.0E-5 / Overall phase residual: 1.0E-5 / Phase error rejection criteria: 0 / High resolution: 3.5 Å
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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