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- EMDB-7449: Cryo-EM structure of the Gasdermin A3 membrane pore -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7449
タイトルCryo-EM structure of the Gasdermin A3 membrane pore
マップデータGasdermin A3 membrane pore
試料
  • 複合体: Gasdermin A3 N domain
    • タンパク質・ペプチド: Gasdermin-A3
  • リガンド: CARDIOLIPIN
キーワードPyroptosis / Pore forming protein (膜孔形成毒素) / IMMUNE SYSTEM (免疫系)
機能・相同性
機能・相同性情報


sebaceous gland cell differentiation / avascular cornea development in camera-type eye / negative regulation of timing of anagen / 毛包 / wide pore channel activity / mammary gland development / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / skin development / hair follicle morphogenesis ...sebaceous gland cell differentiation / avascular cornea development in camera-type eye / negative regulation of timing of anagen / 毛包 / wide pore channel activity / mammary gland development / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / skin development / hair follicle morphogenesis / phosphatidylserine binding / pyroptosis / somatic stem cell population maintenance / hair follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / positive regulation of interleukin-1 beta production / ミトコンドリア / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / defense response to bacterium / positive regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / 生体膜 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Gasdermin, pore forming domain / Gasdermin pore forming domain / Gasdermin, PUB domain / Gasdermin PUB domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Ruan J / Wu H
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute on Minority Health and Health Disparities (NIH/NIMHD)DP1HD087988 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01Al124491 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI123265 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM structure of the gasdermin A3 membrane pore.
著者: Jianbin Ruan / Shiyu Xia / Xing Liu / Judy Lieberman / Hao Wu /
要旨: Gasdermins mediate inflammatory cell death after cleavage by caspases or other, unknown enzymes. The cleaved N-terminal fragments bind to acidic membrane lipids to form pores, but the mechanism of ...Gasdermins mediate inflammatory cell death after cleavage by caspases or other, unknown enzymes. The cleaved N-terminal fragments bind to acidic membrane lipids to form pores, but the mechanism of pore formation remains unresolved. Here we present the cryo-electron microscopy structures of the 27-fold and 28-fold single-ring pores formed by the N-terminal fragment of mouse GSDMA3 (GSDMA3-NT) at 3.8 and 4.2 Å resolutions, and of a double-ring pore at 4.6 Å resolution. In the 27-fold pore, a 108-stranded anti-parallel β-barrel is formed by two β-hairpins from each subunit capped by a globular domain. We identify a positively charged helix that interacts with the acidic lipid cardiolipin. GSDMA3-NT undergoes radical conformational changes upon membrane insertion to form long, membrane-spanning β-strands. We also observe an unexpected additional symmetric ring of GSDMA3-NT subunits that does not insert into the membrane in the double-ring pore, which may represent a pre-pore state of GSDMA3-NT. These structures provide a basis that explains the activities of several mutant gasdermins, including defective mutants that are associated with cancer.
履歴
登録2018年2月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年3月28日-
マップ公開2018年4月25日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6cb8
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6cb8
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7449.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7449.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Gasdermin A3 membrane pore
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 0.0119 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.06966423 - 0.15675774
平均 (標準偏差)0.0002948437 (±0.0036129334)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-189-189-189
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 501.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.321.321.32
M x/y/z380380380
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z501.600501.600501.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-189-189-189
NC/NR/NS380380380
D min/max/mean-0.0700.1570.000

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添付データ

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追加マップ: Gasdermin A3 membrane pore

ファイルemd_7449_additional_1.map
注釈Gasdermin A3 membrane pore
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Gasdermin A3 membrane pore

ファイルemd_7449_additional_2.map
注釈Gasdermin A3 membrane pore
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Gasdermin A3 N domain

全体名称: Gasdermin A3 N domain
要素
  • 複合体: Gasdermin A3 N domain
    • タンパク質・ペプチド: Gasdermin-A3
  • リガンド: CARDIOLIPIN

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超分子 #1: Gasdermin A3 N domain

超分子名称: Gasdermin A3 N domain / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 810 KDa

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分子 #1: Gasdermin-A3

分子名称: Gasdermin-A3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 30.401035 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: HMPVFEDVTR ALVRELNPRG DLTPLDSLID FKHFRPFCLV LRKRKSTLFW GARYVRTDYT LLDLLEPGSS PSDLTDSGNF SFKNMLDVQ VQGLVEVPKT VKVKGTAGLS QSSTLEVQTL SVAPSALENL KKERKLSADH SFLNEMRYHE KNLYVVMEAV E AKQEVTVE ...文字列:
HMPVFEDVTR ALVRELNPRG DLTPLDSLID FKHFRPFCLV LRKRKSTLFW GARYVRTDYT LLDLLEPGSS PSDLTDSGNF SFKNMLDVQ VQGLVEVPKT VKVKGTAGLS QSSTLEVQTL SVAPSALENL KKERKLSADH SFLNEMRYHE KNLYVVMEAV E AKQEVTVE QTGNANAIFS LPSLALLGLQ GSLNNNKAVT IPKGCVLAYR VRLLRVFLFN LWDIPYICND SMQTFPKIRR VP CSAFISP TQMISEEPEE EKLIGELEVL FQ

UniProtKB: Gasdermin-A3

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分子 #2: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM / Cardiolipin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C27 (27回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) / 使用した粒子像数: 40086
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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