+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7021 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of influenza hemagglutinin from A/New Caledonia/20/99 in complex with FAB 441D6. | |||||||||
マップデータ | Hemagglutinin ectodomain derived from influenza A/New Caledonia/20/99 expressed with a trimerization domain (foldon), in complex with 3 molecules of FAB 441D6. | |||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Gallagher JR / Harris AK | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Immunol / 年: 2019 タイトル: Mosaic nanoparticle display of diverse influenza virus hemagglutinins elicits broad B cell responses. 著者: Masaru Kanekiyo / M Gordon Joyce / Rebecca A Gillespie / John R Gallagher / Sarah F Andrews / Hadi M Yassine / Adam K Wheatley / Brian E Fisher / David R Ambrozak / Adrian Creanga / Kwanyee ...著者: Masaru Kanekiyo / M Gordon Joyce / Rebecca A Gillespie / John R Gallagher / Sarah F Andrews / Hadi M Yassine / Adam K Wheatley / Brian E Fisher / David R Ambrozak / Adrian Creanga / Kwanyee Leung / Eun Sung Yang / Seyhan Boyoglu-Barnum / Ivelin S Georgiev / Yaroslav Tsybovsky / Madhu S Prabhakaran / Hanne Andersen / Wing-Pui Kong / Ulrich Baxa / Kathryn L Zephir / Julie E Ledgerwood / Richard A Koup / Peter D Kwong / Audray K Harris / Adrian B McDermott / John R Mascola / Barney S Graham / 要旨: The present vaccine against influenza virus has the inevitable risk of antigenic discordance between the vaccine and the circulating strains, which diminishes vaccine efficacy. This necessitates new ...The present vaccine against influenza virus has the inevitable risk of antigenic discordance between the vaccine and the circulating strains, which diminishes vaccine efficacy. This necessitates new approaches that provide broader protection against influenza. Here we designed a vaccine using the hypervariable receptor-binding domain (RBD) of viral hemagglutinin displayed on a nanoparticle (np) able to elicit antibody responses that neutralize H1N1 influenza viruses spanning over 90 years. Co-display of RBDs from multiple strains across time, so that the adjacent RBDs are heterotypic, provides an avidity advantage to cross-reactive B cells. Immunization with the mosaic RBD-np elicited broader antibody responses than those induced by an admixture of nanoparticles encompassing the same set of RBDs as separate homotypic arrays. Furthermore, we identified a broadly neutralizing monoclonal antibody in a mouse immunized with mosaic RBD-np. The mosaic antigen array signifies a unique approach that subverts monotypic immunodominance and allows otherwise subdominant cross-reactive B cell responses to emerge. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7021.map.gz | 62.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-7021-v30.xml emd-7021.xml | 20.5 KB 20.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_7021_fsc.xml | 9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_7021.png | 94.4 KB | ||
マスクデータ | emd_7021_msk_1.map | 67 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_7021_half_map_1.map.gz emd_7021_half_map_2.map.gz | 51.9 MB 51.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7021 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7021 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7021_validation.pdf.gz | 78.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_7021_full_validation.pdf.gz | 77.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7021_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7021 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7021 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7021.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Hemagglutinin ectodomain derived from influenza A/New Caledonia/20/99 expressed with a trimerization domain (foldon), in complex with 3 molecules of FAB 441D6. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.3797 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_7021_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: RELION unfiltered half map (1)
ファイル | emd_7021_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | RELION unfiltered half map (1) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: RELION unfiltered half map (2)
ファイル | emd_7021_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | RELION unfiltered half map (2) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Influenza hemagglutinin from A/New Caledonia/20/99, in complex wi...
全体 | 名称: Influenza hemagglutinin from A/New Caledonia/20/99, in complex with 3 molecules of FAB 441D6. |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Influenza hemagglutinin from A/New Caledonia/20/99, in complex wi...
超分子 | 名称: Influenza hemagglutinin from A/New Caledonia/20/99, in complex with 3 molecules of FAB 441D6. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/New Caledonia/20/99 |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Influenza hemagglutinin from A/New Caledonia/20/99, with C-termin...
分子 | 名称: Influenza hemagglutinin from A/New Caledonia/20/99, with C-terminal trimerization domain (T4 fibritin foldon). タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/New Caledonia/20/99 |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DTICIGYHAN NSTDTVDTVL EKNVTVTHSV NLLEDSHNGK LCRLKGTAPL QLGNCSVAGW ILGNPECESL FSKESWSYIA ETPNPENGTC YPGYFADYEE LREQLSSVSS FERFEIFPKE SSWPNHTVTK GVTASCSHNG KSSFYKNLLW LTEKNGLYPN LSKSYVNNKE ...文字列: DTICIGYHAN NSTDTVDTVL EKNVTVTHSV NLLEDSHNGK LCRLKGTAPL QLGNCSVAGW ILGNPECESL FSKESWSYIA ETPNPENGTC YPGYFADYEE LREQLSSVSS FERFEIFPKE SSWPNHTVTK GVTASCSHNG KSSFYKNLLW LTEKNGLYPN LSKSYVNNKE KEVLVLWGVH HPSNIGDQRA IYHTENAYVS VVSSHYSRRF TPEITKRPKV RDQEGRINYY WTLLEPGDTI IFEANGNLIA PWYAFALSRG FGSGIITSNA SMGECDAKCQ TPQGAINSSL PFQNVHPVTI GECPKYVRST KLRMVTGLRN IPSIQSRGLF GAIAGFIEGG WTGMIDGWYG YHHQNEQGSG YAADQKSTQN AIDGITNKVN SVIEKMNTQF TAVGKEFNKL ERRMENLNKK VDDGFLDIWT YNAELLVLLE NERTLDFHDS NVKNLYEKVK TQLKNNAKEI GNGCFEFYHK CNNECMESVK NGTYDYPKYS EESKLNREKI DGSGLVPRGS GYIPEAPRDG QAYVRKDGEW VLLSTFLGSA HIVMVDAYKP TKGHHHHHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: PBS | |||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | |||||||||||||||
詳細 | Complexes of hemagglutinin and FAB were purified from unbound components by gel filtration. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-7 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 464 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 34.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 8.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |