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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6973 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the yeast pre-B complex at an average resolution of 3.3 angstrom (Part II: U1 snRNP region) | ||||||||||||
マップデータ | U1 snRNP region of the spliceosomal pre-B complex | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | spliceosme / assemply / pre-B complex / U1 snRNP / Splicing | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 first spliceosomal transesterification activity / positive regulation of RNA binding / mRNA splice site recognition / splicing factor binding / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex ...first spliceosomal transesterification activity / positive regulation of RNA binding / mRNA splice site recognition / splicing factor binding / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / commitment complex / U4 snRNP / U2 snRNP / poly(U) RNA binding / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / pre-mRNA 5'-splice site binding / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / mRNA 5'-splice site recognition / U5 snRNP / spliceosomal snRNP assembly / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Bai R / Wan R | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2018 タイトル: Structures of the fully assembled spliceosome before activation. 著者: Rui Bai / Ruixue Wan / Chuangye Yan / Jianlin Lei / Yigong Shi / 要旨: The precatalytic spliceosome (B complex) is preceded by the pre-B complex. Here we report the cryo-electron microscopy structures of the pre-B and B complexes at average resolutions of 3.3 to 4.6 ...The precatalytic spliceosome (B complex) is preceded by the pre-B complex. Here we report the cryo-electron microscopy structures of the pre-B and B complexes at average resolutions of 3.3 to 4.6 and 3.9 angstroms, respectively. In the pre-B complex, the duplex between the 5' splice site (5'SS) and U1 small nuclear RNA (snRNA) is recognized by Yhc1, Luc7, and the Sm ring. In the B complex, U1 small nuclear ribonucleoprotein is dissociated, the 5'-exon-5'SS sequences are translocated near U6 snRNA, and three B-specific proteins may orient the precursor messenger RNA. In both complexes, U6 snRNA is anchored to loop I of U5 snRNA, and the duplex between the branch point sequence and U2 snRNA is recognized by the SF3b complex. Structural analysis reveals the mechanism of assembly and activation for the yeast spliceosome. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6973.map.gz | 226.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6973-v30.xml emd-6973.xml | 33 KB 33 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6973.png | 228.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-6973.cif.gz | 9.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6973 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6973 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6973.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | U1 snRNP region of the spliceosomal pre-B complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.338 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Pre-B spliceosomal complex
+超分子 #1: Pre-B spliceosomal complex
+分子 #1: pre-mRNA
+分子 #2: U1 snRNA
+分子 #3: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog
+分子 #4: U1 small nuclear ribonucleoprotein C
+分子 #5: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
+分子 #6: U1 small nuclear ribonucleoprotein component PRP42
+分子 #7: Pre-mRNA-processing factor 39
+分子 #8: Protein NAM8
+分子 #9: 56 kDa U1 small nuclear ribonucleoprotein component
+分子 #10: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
+分子 #11: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
+分子 #12: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
+分子 #13: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
+分子 #14: Small nuclear ribonucleoprotein E
+分子 #15: Small nuclear ribonucleoprotein F
+分子 #16: Small nuclear ribonucleoprotein G
+分子 #17: U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71
+分子 #18: Protein LUC7
+分子 #19: U1 snRNP
+分子 #20: Pre-mRNA-splicing ATP-dependent RNA helicase PRP28
+分子 #21: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.9 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 500657 |