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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6743 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of M-LHCII and CP24 complexes in the stacked C2S2M2-type PSII-LHCII supercomplex from Pisum sativum | |||||||||||||||
マップデータ | None | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Photosystem II / M-LHCII and CP24 complexes / PSII-LHCII / C2S2M2 supercomplex / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosynthesis, light harvesting in photosystem II / PSII associated light-harvesting complex II / response to high light intensity / regulation of stomatal movement / plastoglobule / response to abscisic acid / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / chloroplast envelope / photosystem I / response to herbicide ...photosynthesis, light harvesting in photosystem II / PSII associated light-harvesting complex II / response to high light intensity / regulation of stomatal movement / plastoglobule / response to abscisic acid / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / chloroplast envelope / photosystem I / response to herbicide / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / protein domain specific binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Pisum sativum (エンドウ) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Su XD / Ma J / Wei XP / Cao P / Zhu DJ / Chang WR / Liu ZF / Zhang XZ / Li M | |||||||||||||||
資金援助 | 中国, 4件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2017 タイトル: Structure and assembly mechanism of plant CSM-type PSII-LHCII supercomplex. 著者: Xiaodong Su / Jun Ma / Xuepeng Wei / Peng Cao / Dongjie Zhu / Wenrui Chang / Zhenfeng Liu / Xinzheng Zhang / Mei Li / 要旨: In plants, the photosynthetic machinery photosystem II (PSII) consists of a core complex associated with variable numbers of light-harvesting complexes II (LHCIIs). The supercomplex, comprising a ...In plants, the photosynthetic machinery photosystem II (PSII) consists of a core complex associated with variable numbers of light-harvesting complexes II (LHCIIs). The supercomplex, comprising a dimeric core and two strongly bound and two moderately bound LHCIIs (CSM), is the dominant form in plants acclimated to limited light. Here we report cryo-electron microscopy structures of two forms of CSM (termed stacked and unstacked) from at 2.7- and 3.2-angstrom resolution, respectively. In each CSM, the moderately bound LHCII assembles specifically with a peripheral antenna complex CP24-CP29 heterodimer and the strongly bound LHCII, to establish a pigment network that facilitates light harvesting at the periphery and energy transfer into the core. The high mobility of peripheral antennae, including the moderately bound LHCII and CP24, provides insights into functional regulation of plant PSII. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6743.map.gz | 11.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6743-v30.xml emd-6743.xml | 15.2 KB 15.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6743.png | 269.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-6743.cif.gz | 5.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6743 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6743 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6743_validation.pdf.gz | 557.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6743_full_validation.pdf.gz | 557.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6743_validation.xml.gz | 5.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_6743_validation.cif.gz | 6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6743 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6743 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6743.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : M-LHCII and CP24 complexes in the stacked C2S2M2-type PSII-LHCII ...
+超分子 #1: M-LHCII and CP24 complexes in the stacked C2S2M2-type PSII-LHCII ...
+分子 #1: Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic
+分子 #2: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #3: Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein Lhcb6, CP24
+分子 #4: CHLOROPHYLL B
+分子 #5: CHLOROPHYLL A
+分子 #6: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
+分子 #7: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...
+分子 #8: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY...
+分子 #9: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
+分子 #10: BETA-CAROTENE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 5.7 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 136521 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
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得られたモデル | PDB-5xnn: |