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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6317 | |||||||||
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タイトル | Three-dimensional structure of AcrAB-TolC complex | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of negatively stained AcrB-transmembrane linker-AcrA-AcrA and TolC complex, which supports 3:6:3 (AcrB:AcrA:TolC) assembly stoichiometry and the direct interaction between AcrA and TolC | |||||||||
試料 |
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キーワード | multidrug efflux pump / multidrug resistance (多剤耐性) / resistance-nodulation-division family | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 26.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Kim J-S / Jeong H / Song S / Kim H-Y / Lee K / Hyun J / Ha N-C | |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cells / 年: 2015 タイトル: Structure of the tripartite multidrug efflux pump AcrAB-TolC suggests an alternative assembly mode. 著者: Jin-Sik Kim / Hyeongseop Jeong / Saemee Song / Hye-Yeon Kim / Kangseok Lee / Jaekyung Hyun / Nam-Chul Ha / 要旨: Escherichia coli AcrAB-TolC is a multidrug efflux pump that expels a wide range of toxic substrates. The dynamic nature of the binding or low affinity between the components has impeded elucidation ...Escherichia coli AcrAB-TolC is a multidrug efflux pump that expels a wide range of toxic substrates. The dynamic nature of the binding or low affinity between the components has impeded elucidation of how the three components assemble in the functional state. Here, we created fusion proteins composed of AcrB, a transmembrane linker, and two copies of AcrA. The fusion protein exhibited acridine pumping activity, suggesting that the protein reflects the functional structure in vivo. To discern the assembling mode with TolC, the AcrBA fusion protein was incubated with TolC or a chimeric protein containing the TolC aperture tip region. Three-dimensional structures of the complex proteins were determined through transmission electron microscopy. The overall structure exemplifies the adaptor bridging model, wherein the funnel-like AcrA hexamer forms an intermeshing cogwheel interaction with the α-barrel tip region of TolC, and a direct interaction between AcrB and TolC is not allowed. These observations provide a structural blueprint for understanding multidrug resistance in pathogenic Gram-negative bacteria. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6317.map.gz | 9.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6317-v30.xml emd-6317.xml | 10.2 KB 10.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_6317.gif 80_6317.gif | 24.8 KB 2.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6317 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6317 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6317.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of negatively stained AcrB-transmembrane linker-AcrA-AcrA and TolC complex, which supports 3:6:3 (AcrB:AcrA:TolC) assembly stoichiometry and the direct interaction between AcrA and TolC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : AcrB-TM#5-AcrA-AcrA and TolC complex
全体 | 名称: AcrB-TM#5-AcrA-AcrA and TolC complex |
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要素 |
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-超分子 #1000: AcrB-TM#5-AcrA-AcrA and TolC complex
超分子 | 名称: AcrB-TM#5-AcrA-AcrA and TolC complex / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: AcrB trimer, AcrA hexamer and TolC trimer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 700 KDa |
-分子 #1: Multidrug efflux pump AcrAB-TolC
分子 | 名称: Multidrug efflux pump AcrAB-TolC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: AcrAB fusion protein was generated by fusing functional AcrA dimer to the C-terminus of AcrB with a short transmembrane linker, and TolC was bound to the fusion protein in order to generate ...詳細: AcrAB fusion protein was generated by fusing functional AcrA dimer to the C-terminus of AcrB with a short transmembrane linker, and TolC was bound to the fusion protein in order to generate the complete tripartite complex コピー数: 12 / 集合状態: Dodecamer (3 x AcrB, 6 x AcrA, 3 x TolC) / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 700 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET22b |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.01 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 20mM HEPES, 150mM NaCl, 0.02% DDM, 10% glycerol |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Grid was stained with 0.75% uranyl formate for 60 seconds, followed by blotting of excess solution using a piece of filter paper |
グリッド | 詳細: 300-mesh copper EM-grid with covered with thin carbon film, glow discharged in air |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI SPIRIT |
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電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 倍率(補正後): 66667 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 6.3 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.7 µm / 倍率(公称値): 52000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
日付 | 2014年4月20日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 100 |
実験機器 | モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: CTF correction to each particle |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 2591 |
詳細 | Particles were manually selected and boxed in 256 x 256 pixel boxes using e2boxer.py. Boxed particles were used to estimate and correct for CTF using e2ctf.py. Initial model from selected class averages was generated using e2initialmodel.py, and the 3D refinement was performed using e2refine_easy.py. |