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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6087 | |||||||||
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タイトル | Single particle cryo-EM reconstruction of ABC transporter TmrAB | |||||||||
マップデータ | 3D reconstruction of TmrAB | |||||||||
試料 |
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キーワード | ABC transporter / TmrAB | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Kim JM / Wu S / Tomasiak T / Mergel C / Winter MB / Stiller S / Robles-Colmanares Y / Stroud RM / Tampe R / Craik CS / Cheng Y | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2015 タイトル: Subnanometre-resolution electron cryomicroscopy structure of a heterodimeric ABC exporter. 著者: JungMin Kim / Shenping Wu / Thomas M Tomasiak / Claudia Mergel / Michael B Winter / Sebastian B Stiller / Yaneth Robles-Colmanares / Robert M Stroud / Robert Tampé / Charles S Craik / Yifan Cheng / 要旨: ATP-binding cassette (ABC) transporters translocate substrates across cell membranes, using energy harnessed from ATP binding and hydrolysis at their nucleotide-binding domains. ABC exporters are ...ATP-binding cassette (ABC) transporters translocate substrates across cell membranes, using energy harnessed from ATP binding and hydrolysis at their nucleotide-binding domains. ABC exporters are present both in prokaryotes and eukaryotes, with examples implicated in multidrug resistance of pathogens and cancer cells, as well as in many human diseases. TmrAB is a heterodimeric ABC exporter from the thermophilic Gram-negative eubacterium Thermus thermophilus; it is homologous to various multidrug transporters and contains one degenerate site with a non-catalytic residue next to the Walker B motif. Here we report a subnanometre-resolution structure of detergent-solubilized TmrAB in a nucleotide-free, inward-facing conformation by single-particle electron cryomicroscopy. The reconstructions clearly resolve characteristic features of ABC transporters, including helices in the transmembrane domain and nucleotide-binding domains. A cavity in the transmembrane domain is accessible laterally from the cytoplasmic side of the membrane as well as from the cytoplasm, indicating that the transporter lies in an inward-facing open conformation. The two nucleotide-binding domains remain in contact via their carboxy-terminal helices. Furthermore, comparison between our structure and the crystal structures of other ABC transporters suggests a possible trajectory of conformational changes that involves a sliding and rotating motion between the two nucleotide-binding domains during the transition from the inward-facing to outward-facing conformations. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6087.map.gz | 942.1 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6087-v30.xml emd-6087.xml | 8.9 KB 8.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_6087.gif 80_6087.gif | 38.6 KB 3.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6087 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6087 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6087.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 3D reconstruction of TmrAB | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.74 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : TmrAB
全体 | 名称: TmrAB |
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要素 |
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-超分子 #1000: TmrAB
超分子 | 名称: TmrAB / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: single particle; sample was monodisperse / 集合状態: heterodimer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 135 KDa / 理論値: 135 KDa |
-分子 #1: ABC exporter
分子 | 名称: ABC exporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: TmrAB / コピー数: 1 / 集合状態: heterodimer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 別称: thermophilic Gram-negative eubacterium |
分子量 | 実験値: 135 KDa / 理論値: 135 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | UniProtKB: Multidrug resistance ABC transporter ATP-binding and permease protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
グリッド | 詳細: Quantifoil grid |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.12 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 80000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: CT3500 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
日付 | 2012年1月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F816 (8k x 8k) |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: each particle |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 36000 |