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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5928 | |||||||||
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タイトル | Kinetic and Structural Analysis of Coxsackievirus B3 Receptor Interactions and Formation of the A-particle | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of CVB3 A-particle transitioned by CAR | |||||||||
試料 |
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キーワード | coxsackievirus b3 / cvb3 / CAR (自動車) / cryoEM (低温電子顕微鏡法) / A-particle (アルファ粒子) | |||||||||
生物種 | Human coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Organtini LJ / Makhov AM / Conway JF / Hafenstein S / Carson SD | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2014 タイトル: Kinetic and structural analysis of coxsackievirus B3 receptor interactions and formation of the A-particle. 著者: Lindsey J Organtini / Alexander M Makhov / James F Conway / Susan Hafenstein / Steven D Carson / 要旨: The coxsackievirus and adenovirus receptor (CAR) has been identified as the cellular receptor for group B coxsackieviruses, including serotype 3 (CVB3). CAR mediates infection by binding to CVB3 and ...The coxsackievirus and adenovirus receptor (CAR) has been identified as the cellular receptor for group B coxsackieviruses, including serotype 3 (CVB3). CAR mediates infection by binding to CVB3 and catalyzing conformational changes in the virus that result in formation of the altered, noninfectious A-particle. Kinetic analyses show that the apparent first-order rate constant for the inactivation of CVB3 by soluble CAR (sCAR) at physiological temperatures varies nonlinearly with sCAR concentration. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) reconstruction of the CVB3-CAR complex resulted in a 9.0-Å resolution map that was interpreted with the four available crystal structures of CAR, providing a consensus footprint for the receptor binding site. The analysis of the cryo-EM structure identifies important virus-receptor interactions that are conserved across picornavirus species. These conserved interactions map to variable antigenic sites or structurally conserved regions, suggesting a combination of evolutionary mechanisms for receptor site preservation. The CAR-catalyzed A-particle structure was solved to a 6.6-Å resolution and shows significant rearrangement of internal features and symmetric interactions with the RNA genome. IMPORTANCE: This report presents new information about receptor use by picornaviruses and highlights the importance of attaining at least an ∼9-Å resolution for the interpretation of cryo-EM ...IMPORTANCE: This report presents new information about receptor use by picornaviruses and highlights the importance of attaining at least an ∼9-Å resolution for the interpretation of cryo-EM complex maps. The analysis of receptor binding elucidates two complementary mechanisms for preservation of the low-affinity (initial) interaction of the receptor and defines the kinetics of receptor-catalyzed conformational change to the A-particle. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5928.map.gz | 65.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5928-v30.xml emd-5928.xml | 9.8 KB 9.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_5928.gif 80_5928.gif | 102.5 KB 6.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5928 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5928 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5928.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 161.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of CVB3 A-particle transitioned by CAR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.25 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Coxsackievirus B3 A-Particle
全体 | 名称: Coxsackievirus B3 A-Particle |
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要素 |
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-超分子 #1000: Coxsackievirus B3 A-Particle
超分子 | 名称: Coxsackievirus B3 A-Particle / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: purified virus and receptor complex in solution / 集合状態: icosahedral virus / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 7 MDa |
-超分子 #1: Human coxsackievirus B3
超分子 | 名称: Human coxsackievirus B3 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: CVB3 詳細: Virus was incubated with excess CAR at 4 degrees C then transitioned to 37 degrees C in order to create the A-particle. NCBI-ID: 12072 / 生物種: Human coxsackievirus B3 / Sci species strain: CVB3/28 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: CVB3 |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES |
分子量 | 実験値: 7 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: VP1-4 / 直径: 300 Å / T番号(三角分割数): 1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6 / 詳細: 50 mM MES, 100 mM NaCl |
グリッド | 詳細: glow-discharged holey carbon Quantifoil electron microscopy grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 95 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 50000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.33 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: CTFFIND3 |
日付 | 2012年8月1日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000 デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 48 / 平均電子線量: 15 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: AUTO3DEM |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN, AUTO3DEM / 使用した粒子像数: 41939 |
詳細 | Particles were selected using EMAN. |