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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5668 | |||||||||
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タイトル | 26S proteasome Rpn11AXA Rpn13-delta mutant | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of the Rpn11AXA Rpn13-delta yeast 26S proteasome in the absence of substrate | |||||||||
試料 |
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キーワード | 26S proteasome / 19S regulatory particle / Rpn11 / deubiquitination / AAA+ ATPase / protein translocation / cryoEM / UPS | |||||||||
機能・相同性 | proteasome regulatory particle / Proteasome, subunit alpha/beta 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Matyskiela ME / Lander GC / Martin A | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2013 タイトル: Conformational switching of the 26S proteasome enables substrate degradation. 著者: Mary E Matyskiela / Gabriel C Lander / Andreas Martin / 要旨: The 26S proteasome is the major eukaryotic ATP-dependent protease, responsible for regulating the proteome through degradation of ubiquitin-tagged substrates. Its regulatory particle, containing the ...The 26S proteasome is the major eukaryotic ATP-dependent protease, responsible for regulating the proteome through degradation of ubiquitin-tagged substrates. Its regulatory particle, containing the heterohexameric AAA+ ATPase motor and the essential deubiquitinase Rpn11, recognizes substrates, removes their ubiquitin chains and translocates them into the associated peptidase after unfolding, but detailed mechanisms remain unknown. Here we present the 26S proteasome structure from Saccharomyces cerevisiae during substrate degradation, showing that the regulatory particle switches from a preengaged to a translocation-competent conformation. This conformation is characterized by a rearranged ATPase ring with uniform subunit interfaces, a widened central channel coaxially aligned with the peptidase and a spiral orientation of pore loops that suggests a rapid progression of ATP-hydrolysis events around the ring. Notably, Rpn11 moves from an occluded position to directly above the central pore, thus facilitating substrate deubiquitination concomitant with translocation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5668.map.gz | 2.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5668-v30.xml emd-5668.xml | 10.5 KB 10.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5668_1.png | 131.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5668 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5668 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5668_validation.pdf.gz | 78.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5668_full_validation.pdf.gz | 77.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5668_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5668 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5668 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5668.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 51.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of the Rpn11AXA Rpn13-delta yeast 26S proteasome in the absence of substrate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.17 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Yeast Rpn11AXA Rpn13-delta mutant 26S proteasome
全体 | 名称: Yeast Rpn11AXA Rpn13-delta mutant 26S proteasome |
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要素 |
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-超分子 #1000: Yeast Rpn11AXA Rpn13-delta mutant 26S proteasome
超分子 | 名称: Yeast Rpn11AXA Rpn13-delta mutant 26S proteasome / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: mutant proteasome was purified from yeast / 集合状態: holoenzyme / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 1.5 MDa / 理論値: 1.5 MDa / 手法: Sedimentation |
-分子 #1: 26S proteasome
分子 | 名称: 26S proteasome / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: proteasome / 詳細: Mutant proteasome was purified from yeast / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: yAM11 / 別称: Yeast / 細胞中の位置: cytoplasm |
分子量 | 実験値: 1.5 MDa / 理論値: 1.5 MDa |
配列 | GO: proteasome regulatory particle / InterPro: Proteasome, subunit alpha/beta |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.6 詳細: 60mM HEPES, 50mM NaCl, 50mM KCl, 5mM MgCl2, 0.5mM EDTA, 1mM DTT, 2mM ATP, 0.05% NP40 |
グリッド | 詳細: 400-mesh C-flats, 2 um holes with 2 um spacing (Protochips Inc.) |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 50 % / チャンバー内温度: 86 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 手法: Blot 3 seconds with -1 offset |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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温度 | 最低: 78 K / 最高: 80 K / 平均: 79 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 210,000 times magnification |
詳細 | Data acquired with Leginon |
日付 | 2012年9月10日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 実像数: 4740 / 平均電子線量: 20 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 100000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 100000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Gatan 626, 70 degree cryoholder / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | 3D reconstruction with EMAN2/SPARX libraries; final alignment of particles with FREALIGN. Sharpened with SPIDER; low-pass filtered to local resolution with BSOFT. |
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CTF補正 | 詳細: each particle |
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2/SPARX, FREALIGN 詳細: Final map filtered to local resolution using the blocfilt function in Bsoft. Image processing performed in the Appion processing environment. 使用した粒子像数: 80011 |