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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5519 | |||||||||
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タイトル | Electron cryo-tomography of coxsackievirus A9-integrin alpha v beta 6 complex | |||||||||
マップデータ | Electron cryo-tomography of coxsackievirus A9-integrin alpha v beta 6 complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | CVA9-integrin / picornavirus (ピコルナウイルス科) / enterovirus (エンテロウイルス) / coxsackievirus A9 / integrin (インテグリン) / tomography (トモグラフィー) | |||||||||
生物種 | Human coxsackievirus A9 (コクサッキーウイルス) | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Shakeel S / Seitsonen JJT / Kajander T / Laurinmaki P / Hyypia T / Susi P / Butcher SJ | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2013 タイトル: Structural and functional analysis of coxsackievirus A9 integrin αvβ6 binding and uncoating. 著者: Shabih Shakeel / Jani J T Seitsonen / Tommi Kajander / Pasi Laurinmäki / Timo Hyypiä / Petri Susi / Sarah J Butcher / 要旨: Coxsackievirus A9 (CVA9) is an important pathogen of the Picornaviridae family. It utilizes cellular receptors from the integrin αv family for binding to its host cells prior to entry and genome ...Coxsackievirus A9 (CVA9) is an important pathogen of the Picornaviridae family. It utilizes cellular receptors from the integrin αv family for binding to its host cells prior to entry and genome release. Among the integrins tested, it has the highest affinity for αvβ6, which recognizes the arginine-glycine-aspartic acid (RGD) loop present on the C terminus of viral capsid protein, VP1. As the atomic model of CVA9 lacks the RGD loop, we used surface plasmon resonance, electron cryo-microscopy, and image reconstruction to characterize the capsid-integrin interactions and the conformational changes on genome release. We show that the integrin binds to the capsid with nanomolar affinity and that the binding of integrin to the virion does not induce uncoating, thereby implying that further steps are required for release of the genome. Electron cryo-tomography and single-particle image reconstruction revealed variation in the number and conformation of the integrins bound to the capsid, with the integrin footprint mapping close to the predicted site for the exposed RGD loop on VP1. Comparison of empty and RNA-filled capsid reconstructions showed that the capsid undergoes conformational changes when the genome is released, so that the RNA-capsid interactions in the N termini of VP1 and VP4 are lost, VP4 is removed, and the capsid becomes more porous, as has been reported for poliovirus 1, human rhinovirus 2, enterovirus 71, and coxsackievirus A7. These results are important for understanding the structural basis of integrin binding to CVA9 and the molecular events leading to CVA9 cell entry and uncoating. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5519.map.gz | 146.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5519-v30.xml emd-5519.xml | 7.7 KB 7.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5519_1.jpg | 245.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5519 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5519 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5519.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 227.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Electron cryo-tomography of coxsackievirus A9-integrin alpha v beta 6 complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 7.68 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : coxsackievirus A9 in complex with integrin alpha v beta 6
全体 | 名称: coxsackievirus A9 in complex with integrin alpha v beta 6 |
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要素 |
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-超分子 #1000: coxsackievirus A9 in complex with integrin alpha v beta 6
超分子 | 名称: coxsackievirus A9 in complex with integrin alpha v beta 6 タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2 |
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-超分子 #1: Human coxsackievirus A9
超分子 | 名称: Human coxsackievirus A9 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: CVA9 詳細: 10nm gold particles present in tomogram as fiducial. NCBI-ID: 12067 / 生物種: Human coxsackievirus A9 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: CVA9 |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / T番号(三角分割数): 1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 |
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-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 39000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: GATAN 262 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 ° / Tilt series - Axis1 - Angle increment: 3 ° |
日付 | 2011年1月21日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 40 |
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