+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5346 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | 3D map of Cholesteryl Ester Transfer Protein (CETP, 53kDa) at 14 Angstrom by cryo-positive-staining EM and single-particle reconstruction | |||||||||
マップデータ | This is 3D reconstruction of CETP by cryo-positive-staining EM | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Cholesteryl ester transfer protein / lipoprotein (リポタンパク質) / CETP / LDL / VLDL (超低密度リポタンパク質) / HDL / electron microscopy (電子顕微鏡) / CETP mechanism | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 14.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang L / Yan F / Zhang S / Lei D / Charles MA / Cavigiolio G / Oda M / Krauss RM / Weisgraber KH / Rye KA ...Zhang L / Yan F / Zhang S / Lei D / Charles MA / Cavigiolio G / Oda M / Krauss RM / Weisgraber KH / Rye KA / Pownall HJ / Qiu X / Ren G | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2012 タイトル: Structural basis of transfer between lipoproteins by cholesteryl ester transfer protein. 著者: Lei Zhang / Feng Yan / Shengli Zhang / Dongsheng Lei / M Arthur Charles / Giorgio Cavigiolio / Michael Oda / Ronald M Krauss / Karl H Weisgraber / Kerry-Anne Rye / Henry J Pownall / Xiayang Qiu / Gang Ren / 要旨: Human cholesteryl ester transfer protein (CETP) mediates the net transfer of cholesteryl ester mass from atheroprotective high-density lipoproteins to atherogenic low-density lipoproteins by an ...Human cholesteryl ester transfer protein (CETP) mediates the net transfer of cholesteryl ester mass from atheroprotective high-density lipoproteins to atherogenic low-density lipoproteins by an unknown mechanism. Delineating this mechanism would be an important step toward the rational design of new CETP inhibitors for treating cardiovascular diseases. Using EM, single-particle image processing and molecular dynamics simulation, we discovered that CETP bridges a ternary complex with its N-terminal β-barrel domain penetrating into high-density lipoproteins and its C-terminal domain interacting with low-density lipoprotein or very-low-density lipoprotein. In our mechanistic model, the CETP lipoprotein-interacting regions, which are highly mobile, form pores that connect to a hydrophobic central cavity, thereby forming a tunnel for transfer of neutral lipids from donor to acceptor lipoproteins. These new insights into CETP transfer provide a molecular basis for analyzing mechanisms for CETP inhibition. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5346.map.gz | 407.5 KB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-5346-v30.xml emd-5346.xml | 12 KB 12 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5346_1.jpg | 16.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5346 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5346 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5346.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | This is 3D reconstruction of CETP by cryo-positive-staining EM | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.406 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Recombinant human CETP (about 53 kDa before post-translational mo...
全体 | 名称: Recombinant human CETP (about 53 kDa before post-translational modifications) was expressed in the dihydrofolate reductase-deficient Chinese hamster ovary cell line DG44. |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: Recombinant human CETP (about 53 kDa before post-translational mo...
超分子 | 名称: Recombinant human CETP (about 53 kDa before post-translational modifications) was expressed in the dihydrofolate reductase-deficient Chinese hamster ovary cell line DG44. タイプ: sample / ID: 1000 詳細: The CETP sample was thawed from storage at -70 degrees Celcius before being used. 集合状態: monomeric CETP / Number unique components: 2 |
---|---|
分子量 | 実験値: 74 KDa / 理論値: 53 KDa / 手法: Sedimentation |
-分子 #1: Cholesteryl ester transfer protein
分子 | 名称: Cholesteryl ester transfer protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: CETP 詳細: Cryo-positive-staining method was used for CETP reconstruction コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / 組織: plasma |
分子量 | 実験値: 74 KDa / 理論値: 53 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.005 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: DPBS buffer |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: CETP specimens were also prepared by a cryo-positive-staining EM (cryo-PS-EM) method (reported in the primary citation). |
グリッド | 詳細: CETP (holey thin-carbon-film-coated 300-mesh Copper grid (Cu-300HN, Pacific Grid-Tech, USA) |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 5 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: Blot for 3 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 20 |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 0.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.1 µm / 倍率(公称値): 80000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Gatan 626 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
温度 | 最低: 94 K / 最高: 99 K / 平均: 96 K |
詳細 | Lose dose mode |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 平均電子線量: 50 e/Å2 |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: ctffind3 in the FREALIGN software package, and corrected by EMAN |
---|---|
最終 2次元分類 | クラス数: 317 |
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 8879 |
詳細 | The particles were initially selected using an automatic selection program, boxer, then manually adjusted by deleted the obviously poor quality particles. |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
---|---|
ソフトウェア | 名称: Chimera |
詳細 | Protocol: Chimera Rigid Body Docking |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: cross-correlation |