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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4801 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the anti-feeding prophage cap (AFP tube terminating cap), ending with Afp3 | |||||||||
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![]() | Cryo-EM structure of the anti-feeding prophage cap (AFP tube terminating cap), ending with Afp3 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Desfosses A | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Atomic structures of an entire contractile injection system in both the extended and contracted states. 著者: Ambroise Desfosses / Hariprasad Venugopal / Tapan Joshi / Jan Felix / Matthew Jessop / Hyengseop Jeong / Jaekyung Hyun / J Bernard Heymann / Mark R H Hurst / Irina Gutsche / Alok K Mitra / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Contractile injection systems are sophisticated multiprotein nanomachines that puncture target cell membranes. Although the number of atomic-resolution insights into contractile bacteriophage tails, ...Contractile injection systems are sophisticated multiprotein nanomachines that puncture target cell membranes. Although the number of atomic-resolution insights into contractile bacteriophage tails, bacterial type six secretion systems and R-pyocins is rapidly increasing, structural information on the contraction of bacterial phage-like protein-translocation structures directed towards eukaryotic hosts is scarce. Here, we characterize the antifeeding prophage AFP from Serratia entomophila by cryo-electron microscopy. We present the high-resolution structure of the entire AFP particle in the extended state, trace 11 protein chains de novo from the apical cap to the needle tip, describe localization variants and perform specific structural comparisons with related systems. We analyse inter-subunit interactions and highlight their universal conservation within contractile injection systems while revealing the specificities of AFP. Furthermore, we provide the structure of the AFP sheath-baseplate complex in a contracted state. This study reveals atomic details of interaction networks that accompany and define the contraction mechanism of toxin-delivery tailocins, offering a comprehensive framework for understanding their mode of action and for their possible adaptation as biocontrol agents. | |||||||||
構造検証レポート | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
FSC (解像度算出) |
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ヘッダ(付随情報, XML型式) |
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画像 |
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マップデータ |
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その他 |
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アーカイブディレクトリ |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4782C ![]() 4783C ![]() 4784C ![]() 4800C ![]() 4802C ![]() 4803C ![]() 4859C ![]() 4871C ![]() 4876C ![]() 6raoC ![]() 6rapC ![]() 6rbkC ![]() 6rbnC ![]() 6rc8C ![]() 6rglC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似形状データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-添付マップデータ: emd 4801 half map 1.map
ファイル | emd_4801_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-添付マップデータ: emd 4801 half map 2.map
ファイル | emd_4801_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 Cryo-EM structure of the anti-feeding prophage cap (AFP tube term...
全体 | 名称: Cryo-EM structure of the anti-feeding prophage cap (AFP tube terminating cap), ending with Afp3 詳細: A scaling by a factor of 2 is recommended for visualisation 構成要素数: 1 |
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-構成要素 #1: タンパク質, Cryo-EM structure of the anti-feeding prophage cap (AFP tu...
タンパク質 | 名称: Cryo-EM structure of the anti-feeding prophage cap (AFP tube terminating cap), ending with Afp3 詳細: A scaling by a factor of 2 is recommended for visualisation 組換発現: No |
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由来 | 生物種: ![]() ![]() |
由来(合成) | 発現系: ![]() ![]() ![]() |
-実験情報
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試料調製
試料 | 試料の状態: 粒子 / 手法: ![]() |
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試料溶液 | pH: 7 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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![]() | 顕微鏡: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN![]() |
レンズ | 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ホルダ | モデル: OTHER |
カメラ | 検出器: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |